常见临床标本的微生物学检验
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送检标本是否合格是制约临床实验室检验报告质量的首要因素。如果不能在合适的时间、合适的部位、用合适的方法采集适当的标本，并采用正确的方法保存、送检，准确、有价值的检验报告就无从谈起。这需要医生、护士、患者（及其家属）、检验工作者相互配合、共同努力。临床微生物学检验尤其如此。
脑脊液( cerebrospinal flUld)
正常人脑脊液中没有细菌、病毒等。
1．在病理情况下，血脑屏障受到破坏，病原微生物及其产物进入脑脊液，引起中枢神经系统损害。此时在脑脊液中可检出病原微生物。脑膜炎分为急性和慢性，急性脑膜炎通常由化脓性细菌引起，慢性脑膜炎的病原体包括结核分枝杆菌、梅毒螺旋体、布鲁菌、钩端螺旋体等，症状至少持续4周。
2．细菌性脑膜炎可由多种细菌引起，其中以脑膜炎奈瑟菌引起的流行性脑脊髓膜炎最多见，有的呈爆发型，病情严重，病死率高，多发年龄在5~29岁，主要临床表现为高热、头痛、呕吐、皮肤瘀点及颈项强直等脑膜刺激征，脑脊液呈化脓性改变。本病属乙类传染病，接诊医师及微生物室人员应及时填写传染病卡并按规定及时上报。肺炎链球菌引起的化脓性脑脊髓膜炎主要见于老年人和 婴幼儿，也可见于其他年龄段，常继发于肺炎链球菌性肺炎兼有败血症的病程中，也可继发于中耳炎、乳突炎、鼻窦炎，还可继发于颅脑外伤、颅骨骨折或脑外科手术后。多次发作的复发性脑膜炎的病原菌常为肺炎链球菌。临床表现多是在原发疾病的基础上有高热、头痛、呕吐、嗜睡、昏迷，以及颈项强直、凯尔尼格征阳性等脑膜炎症状。葡萄球菌和链球菌性脑膜炎多为继发性，前者多继发于败血症、局部病变和损伤等，临床上少见；后者多继发于耳鼻喉感染，尤以乳突炎和中耳炎多见。在3个月~5岁儿童的细菌性脑膜炎中，最常见的致病菌是流感嗜血杆菌，占50%以上，病死率约为50%。
并常有上呼吸道感染的症状，可在数小时内突然的、或数天后逐渐地发展为脑膜炎，其症状与其他细菌性脑膜炎相似。李斯特菌病的病原体是产单核细胞李斯特菌，约3/4的患者临床表现为化脓性脑膜炎的症状，不同的是脑脊液中多以单核细胞为主。
3．脑部外伤、神经外科手术和脊髓麻醉等引起的脑膜炎，病原菌通常为大肠埃希菌、变形杆菌、克雷伯菌、枸橼酸杆菌、不动杆菌和肠球菌。脑脊髓分流术所致脑膜炎约有75%为表皮葡萄球菌感染。腰椎穿刺、小脑延髓池穿刺等情况下发生的脑膜炎（接种性脑膜炎），常为铜绿假单胞菌经医疗器械进入髓腔所致。
4．厌氧菌一般不引起脑膜炎，通常不要求做脑脊液的厌氧菌培养。但是，对脑脓肿、硬膜下积液及硬膜外脓肿应做厌氧菌培养。
多达85%的脑脓肿可发现厌氧菌，常见病原菌有类杆菌属、梭状杆菌属、放线菌属、韦荣球菌属和消化链球菌属的细菌，有时可查及厌氧菌和需氧菌（主要是金黄色葡萄球菌和链球菌）的混合感染。
5．下列情况的脑脊液标本需做分枝杆菌检测：来自获得性免疫缺陷综合(AIDS艾滋病)患者；脑脊液淋巴细胞增多；脑脊液葡萄糖值或蛋白质的值异常。
6．隐球菌性脑膜炎的病原体是新型隐球菌，患者死亡率较高，即使在正规抗真菌治疗（推荐使用两性霉素B配合氟胞嘧啶）中病 死率仍高达25%~30%，存活者的复发率为10%～25%，且有近一半患者留有后遗症。多见于艾滋病以及免疫功能低下、患有自身免疫性疾病等的患者。
7．病毒性脑膜炎是指由急性病毒性感染累及到脑脊髓膜的一种临床综合征，主要临床表现为发热、头痛和脑膜刺激征，脑脊液检查为无菌性炎症改变。可由多种病毒引起，主要有肠道病毒中的柯萨奇病毒、埃可病毒和肠道病毒70.71血清型，虫媒病毒中的日本脑炎病毒和森林脑炎病毒，疱疹病毒中的单纯疱疹病毒、水痘一带状疱疹病毒、巨细胞病毒和EB病毒，呼吸道病毒中的2型和3型副流感病毒、流感病毒、腺病毒、腮腺炎病毒、风疹病毒和麻疹病毒，以及淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒、人类免疫缺陷病毒等。本病多数为良性、自限性过程，临床过程通常较短且患者预后好，但少数抗体缺乏患儿的肠道病毒脑膜炎易进展为脑实质受累的脑膜炎，病死率可高达1 0%~74%。限于目前实验室检测技术，引起病毒性脑膜炎的许多病毒还难以从临床标本中检测出。
1．脑脊液通常收集到3支试管内，第3管作培养，以减少皮肤污染的机会。
2．脑脊液采集后，置于无菌试管中，15分钟内送实验室，绝不可冷藏。
3．每种检验需要最小量：细菌培养≥Iml，真菌培养≥2ml，抗酸杆菌培养≥2ml。
1．革兰阳性菌：肺炎链球菌、B群链球菌、A群链球菌、消化链球菌、结核分枝杆菌、产单核李斯特菌、炭疽芽孢杆菌、葡萄球菌。
2．革兰阴性菌：脑膜炎奈瑟菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、卡他布兰汉菌、类杆菌、不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、流感嗜血杆菌。
3．病毒：乙型脑炎病毒、柯萨奇病毒A、柯萨奇病毒B、脊髓灰质炎病毒、新肠道病毒68~71型、狂犬病毒。
4．真菌及其他：新生隐球菌、白假丝酵母菌、钩端螺旋体。
血液及骨髓(blood and bone marrowl)
正常人血液及骨髓中没有细菌、病毒等。
1．正常人体的血液和骨髓内是无菌的。当人体局部感染向全身播散和出现全身感染时，血液中可出现细菌，依程度不同分为菌血症、败血症或毒血症、脓毒血症。当细菌侵入骨髓可引起严重的骨髓炎。
2．由疖、痈、脓肿、烧伤创面及呼吸道感染等原发病灶继发的菌亦症，病原菌多为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)和凝固酶阴性葡萄球菌，此类菌血症常可引起迁延性损害，并发心内膜炎等。
3．由泌尿生殖道、消化道和腹腔感染等原发病灶继发的菌血症，病原菌多为肠球菌，此菌可对多种抗生素耐药，病情较重，且易并发心内膜炎等。
4．机体免疫功能低下的病人常可出现革兰阴性杆菌引发的菌血症。
5．使用抑制细菌细胞壁合成的抗生素药物后，常可发生L型细菌引发的菌血症，常见L型菌有葡萄球菌、链球菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、沙门菌、克雷白杆菌、结核分枝杆菌和布氏杆菌等。
6．肝硬化、糖尿病、尿毒症、恶性肿瘤和新生儿易发生厌氧菌败血症，病原菌多为脆弱拟杆菌、厌氧球菌等。
7．机体抵抗力低下的菌群失调患者可发生真菌性败血症，病原菌有念珠菌、曲霉菌和毛霉菌，此症常可播散累及肝、肺和心内膜等。
8．ICU应用免疫抑制药物、气管切开、各种导管插管、透析疗 法、器官移植等诊治措施的重症患者及具有严重基础性疾病的老年患者可发生医院感染菌血症，此类病人感染常非常严重，又因医院感染多为耐药菌，情况复杂疗效差。
9．采血指征：对入院的危重患者未进行系统性抗生素治疗时，应及时进行血液培养，患者出现以下临床表现时可作为采集血培养的重要指征：
(l)发热(≥38℃)或低体温(<36℃)。以间歇弛张热多见，革兰阴性杆菌，如大肠埃希菌引起的感染可见双峰热。
(2)寒战。
(3)白细胞增多(>lOx10^9/L)，特别是伴有“核左移”。
(4)粒细胞减少(成熟的多形核白细胞<lx10^9/L)。
(5)血小板减少。
(6)皮肤、黏膜出血：常见于溶血性链球菌感染的菌血症，伤寒病人第4~10天可出现玫瑰疹，斑疹伤寒第4~6天可出现暗红色斑丘血疹。
(7)昏迷：严重毒血症可致昏迷或休克。
(8)多器官衰竭。
(9)血压降低。
(10)呼吸加快。
(II)肝脾肿大：常见于革兰阴性杆菌败血症的原发病灶在肝胆系统的患者。
(12)关节疼痛。
(13)老年菌血症患者可能不发热或不低体温，如伴有身体不适、肌痛或卒中，可能是感染性心内膜炎的重要指征。
IO-局部感染：
(1)如脑膜炎、心内膜炎、肺炎、肾盂肾炎、腹腔内脓肿及烧伤等。
(2)血液病：如白血病、再生障碍性贫血、粒细胞缺乏症等，以 及恶性肿瘤，尤其是淋巴瘤及多发性骨髓瘤。
(3)长期输液和介入性治疗患者。
(4)血液透析患者。
(5)重症监护室(ICU)的患者。
(6)获得性免疫缺陷综合征（艾滋病）患者。
1．防止皮肤寄生菌或环境微生物引起的污染是血培养的关键问题。即使在理想的消毒条件下，仍有3%~5%血培养中混有污染菌，它们来源于皮肤（表皮葡萄球菌、痤疮丙酸杆菌、梭杆菌属、类白喉杆菌）或环境（革兰阳性芽孢杆菌、不动杆菌属）。这些微生物有时能致病。对于两次不同部位血培养生长同一种微生物，微生物快速生长(<48h)等情况下可考虑是感染。文献报道的病例回顾性调查分析显示：1995~1999年血中分离的70例凝固酶阴性葡萄球菌，入院48h内检出者39.3%(24例)为污染菌，48h后检出的9例100%为污染菌。结果提示血培养中凝固酶阴性葡萄球菌污染率较高。因此，采血前严格执行消毒程序非常重要，应对临床护士做专门的、严格的培训。
2．留取血培养标本时，为防止皮肤寄生菌污染，可使用消毒剂（碘酊或碘伏）对皮肤进行严格仔细的消毒处理，最大限度地降低皮肤污染。皮肤消毒严格按以下三步法进行：170%乙醇擦拭静脉穿刺部位待30s以上。2用一根碘酊或碘伏棉签消毒皮肤，1%~2%碘酊作用30s或10%碘伏作用60s，从穿刺点向外以1.5~2cm直径画圈进行消毒。370%乙醇脱碘（碘仿“iodophon”不用酒精脱）。严格执行三步消毒后，可行静脉穿刺采血。注意：对碘过敏的患者只能用70%乙醇消毒，消毒60s，待穿刺部位乙醇挥发干燥后穿刺采血。最后，将注射器针头在乙醇灯火焰上烧灼后再注入培养瓶中或更换注射器针头后再注入培养瓶中。
3．采血数量和时间大多数学者主张，24小时内血培养3次 以上，阳性结果并没有明显增加。在已确诊的败血症病例中，从3次血培养中发现微生物的累积率为99%或更高。在体温升高时进行血培养是理想的，因为这个时间血循环中微生物的浓度最高，由于体温升高通常不能预知，一般推荐常规血培养至少应间隔1小时，从不同静脉穿刺位置获得血标本。正常情况下的防御机制从血循环中清除细菌大约需要30min的，因此，至少间隔1h的连续静脉穿刺所获得的阳性血培养结果证明是真正的败血症，而不是菌血症。
4．采血时间关系到血培养的成功与否。对间歇性寒战，应该估计寒战或体温高峰时间，在其到来之前采血，因为细菌进入血流与寒战发作通常间隔th，由于细菌很快会从血流中清除，发热时血液中可能已没有细菌。但实际上，血培养通常在寒战或发热后进行，这也是某些临床实验室血培养阳性率低的原因之一。当预测寒战或高热时间存在困难时，应在寒战或发热时尽快抽血培养。另外，采集血培养都应该在使用抗生素之前进行，用过抗生素治疗可能导致血培养结果阴性，微生物延迟生长更为常见。目前很多种血培养瓶中加入了树脂或活性炭等以吸附血液中的抗生素，也仅是部分解决了这一问题。对已应用抗生素且病情不允许停药的患者也应在下一次用药之前采血。
5．采血量每个培养瓶抽取的血量是10～20mL．送检时要注意保温(25—37℃)，切忌冷冻保存。
1．革兰阳性菌：金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、肺炎链球菌、B群链球菌、A群链球菌、肠球菌、结核分枝杆菌、产单核李斯特菌、**加德纳菌。
2．革兰阴性菌：脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌、卡他布兰汉菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、克雷伯杆菌、肠杆菌、变形杆菌、沙雷菌、沙门菌、不动杆菌、嗜肺军团菌、嗜血杆菌。
3．厌氧菌：类杆菌、产气荚膜梭菌。
4．病毒：乙型脑炎病毒、柯萨奇病毒A、柯萨奇病毒B、脊髓灰质炎病毒、新肠道病毒68~71型、狂犬病毒。
5．真菌及其他：念珠菌、曲霉菌、隐球菌、球孢子菌。
尿液(urine)
正常人尿液无菌。
1．泌尿道感染包括尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎和无症状的菌尿症等。泌尿系统感染的发病率高，彻底治愈率低。上尿路感染主要是肾盂肾炎，下尿路感染主要为尿道炎和膀胱炎，上、下尿路感染往往并存，发生在任何部位的感染灶如不能早期发现和及时治疗，病变迟早都会侵犯整个系统，一部分病例反复发作能引起肾脏进行性损害，甚至发生尿毒症或肾性高血压，因此对泌尿系统感染必须予以足够的重视。
2．单有细菌侵入泌尿系统不一定引起感染，常同时伴有其他危险因素，如先天性泌尿系畸形、尿路梗阻、代谢性疾病、尿路的器械检查、输尿管逆流、尿路结石等。
3．泌尿道感染常见病原菌：60%~80%为革兰阴性杆菌，其中以大肠埃希菌最为常见，占70%以上，其次为变形杆菌、铜绿假单胞菌、克雷伯菌、肠杆菌、沙雷菌、产气肠杆菌、沙门菌等。20%为革兰阳性菌，其中以肠球菌多见，其次为葡萄球菌、链球菌、结核分枝杆菌，少数为厌氧菌等。支原体、衣原体、真菌感染呈上升趋势。
4．钩端螺旋体引起的钩端螺旋体病能造成多器官广泛损伤，其主要累及肾小管，严重者可有急性肾小管坏死。在发病后第2周起至恢复后一段时间内，尿中钩体检出阳性率较高。引起非淋菌性尿道炎(NGU)的主要病原体是解尿脲原体(Uu)、人型支原体(Mh)和生殖道支原体(Mg)。引起尿路感染的病毒常为单纯疱疹病毒和巨 细胞病毒。溶血性尿毒症综合征(HUS)的病原体可为多种病毒，最常见的是肠道病毒属中的柯萨奇病毒和埃可病毒，其他病毒有流感病毒、鼻病毒、腮腺炎病毒、EB病毒等。
5．正常人尿液是无菌的。但尿道口正常情况下存在多种细菌，主要是凝固酶阴性葡萄球菌，其次是肠球菌、类白喉棒状杆菌、枯草芽孢杆菌、微球菌、大肠埃希菌、变形杆菌、卡他布兰汉菌等，采用非侵入手段采集尿标本时易被污染。同时，这些细菌又是尿路感染中常见的病原菌。因此，一方面，尿液标本的采集必须严格无菌操作；另一方面，定量培养、菌落计数是必要的，以便将共生菌与潜在的病原菌区分开。
(1)每毫升尿液细菌数少于10^4时可能没有尿路感染，但如果尿液是通过膀胱穿刺直接来源于膀胱，每毫升细菌数少于10^4时也有临床意义； (2)若每毫升尿液中细菌数目为10^4~10^5且患者没有症状，则应重复检测1次，如果2次定量培养结果相同，则有临床意义； (3)若每毫升尿液中细菌数目为10^4~10^5，患者有尿路感染症状，尿液中只存在1种或2种细菌，则有临床意义； (4)若每毫升尿液细菌数多于10^5，且只存在1种或2种细菌，则有临床意义，包括无症状的女性患者。
(5)有3种以上细菌生长时应考虑污染，重新留取标本。
临床标本采集、处理的注意事项
1．下列情况可影响定量培养的结果，需要临床医生、护理人员综合考虑：
(1)在应用了对病原菌低敏感性的抗菌药物、高尿酸浓度、高渗透压、尿液pH失常(pH在5.0以下或8.5以上)等情况时，虽有感染存在，但尿液能抑制细菌繁殖，使细菌数减少； (2)患者因大量饮水、大量输液或应用利尿剂，而使尿液被过 度稀释；尿频时，膀胱内细菌停留时间短则细菌数少。
2．任何方法采集尿液都应严格遵守在用药前进行，因为治疗中所用药物或其分解产物，绝大多数是通过尿液排泄，容易造成假阴性结果。
3．一定要严格无菌操作，必要时导尿或膀胱穿刺留尿标本，也可在无菌操作下取尿道脓液或分泌物标本。
4．通常收集晨起第一次尿液的清洁中段尿立即送检，不能立即送检的应冷藏保存，否则尿中病原菌可在室温中增殖而影响细菌计数的正确性。但用于病毒分离培养的尿标本不能经低温保存，必须新鲜接种培养。
5．尿液标本中不得加防腐剂及消毒剂，否则会影响检出的阳性率。
1．革兰阳性菌：金黄色葡萄球菌、腐生葡萄球菌、表皮葡萄球菌、肠球菌、链球菌属细菌、棒状杆菌属细菌、分枝杆菌属细菌。
2．革兰阴性菌：淋病奈瑟菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、变形杆菌、沙雷菌、沙门菌、假单胞菌属细菌。
3．真菌：念珠菌。
上呼吸道标本(upper respiratory tract specimens)
正常人的上呼吸道中有许多共生菌存在。
1．上呼吸道通常指的是口咽部和鼻咽部，由于中耳通过咽鼓管连接后咽部，因此也将其归为上呼吸道的一部分。正常人的上呼吸道有许多常居菌寄生，主要有a溶血性链球菌、奈瑟菌属、表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、嗜血杆菌、类白喉棒状杆菌以及大量的厌氧菌。在正常情况下，这些细菌是不致病的。但在机体全身或局部抵抗力减低或其他外因影响下，它们可以致病，并可以侵入下呼吸道引起感染。因此，在上呼吸道标本的微生物学检验中，几乎每一份鼻、咽、喉拭子都是有菌的，分离出来的病原微生物是否与疾病有关，需要临床医生和微生物学检验人员共同根据病原微生物的特点及其检出数量、患者的临床症状等各方面综合分析，作出正确判断。
2．急性咽炎是上呼吸道最常见的感染。主要有三种病原：A群链球菌、病毒及白喉杆菌。除培养外，目前有许多用于快速检测A群链球菌的成品试剂，如酶免疫分析法(EIA)、发光免疫法、分子生物学方法等。猩红热一般继发于A群链球菌引起的上呼吸道感染，患者治疗前咽拭培养的阳性率可高达97.9%。白喉杆菌大多在儿童中引发感染，表现为蓝白色或灰色的膜覆盖咽后部，伴有下部及周围组织水肿，从而区别于急性链球菌性咽炎（火红的咽喉）o最常见的是病毒感染，常由腺病毒、EB病毒、柯萨奇A病毒引起。应用免疫荧光技术及酶联免疫吸附测定(ELISA)方法检测患者鼻咽分泌物细胞内的病毒抗原，可获得早期快速诊断。还可取患者急性期和恢复期的双份血清标本进行补体结合抗体或中和抗体检测，抗体滴度有4倍以上升高时，提示为近期感染，有助于诊断。
3．急性细菌性鼻炎、鼻前庭炎、鼻腔疖肿、鼻中隔脓肿、鼻窦炎等的主要病原菌是金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、肺炎链球菌和流感嗜血杆菌，铜绿假单胞菌、脑膜炎奈瑟菌也可致鼻窦炎。慢性鼻窦炎多数为厌氧菌和需氧菌混合感染所致。
4．咽拭子标本有助于确定会厌炎的病原体，多是由流感嗜血杆菌b型引起，也可由金黄色葡萄球菌或肺炎链球菌引起。病程进展快的蜂窝组织炎有可能引起气道阻塞。
5．寄生于口咽部的草绿色链球菌是亚急性细菌性心内膜炎最常见的病原菌。医院感染引起的支气管炎或肺炎，常为寄殖于咽部的肺炎克雷伯菌、产气肠杆菌等肠杆菌科细菌所致。流行性脑脊髓膜炎带菌者的鼻咽拭子中可分离出脑膜炎奈瑟菌，主要用于带菌者调查。
6．百日咳是一种急性呼吸道感染性疾病，由百日咳鲍特菌引起，在无免疫力的婴幼儿病情尤为严重。发病初期，患者鼻咽拭子培养的细菌检出率最高。
7．急性坏死性溃疡性咽峡炎、扁桃体炎的病原体是奋森螺旋体和梭杆菌，这两种病原体寄生于正常人口腔齿龈部，属条件致病菌，当机体抵抗力下降，如局部组织损伤，维生素A、维生素C等缺乏或严重感染时，大量繁殖，协同致病。因此通常出现在口腔卫生不好的成年人及患有严重基础疾病的患者。此病多伴有败血症，因此应同时考虑做血培养。
临床标本采集、处理的注意事项
1．痰液标本的采集应尽可能在应用抗生素前留取标本。
2．标本采集是否合格直接影响到检验结果的正确性。以清晨为好（多数患者清晨痰量较多，且含菌量也多），先用盐水或凉开水漱口3次（包括咽部），气管深部咳痰，为防止气管壁分泌物污染，弃第一口痰，留取第二口痰。如果痰液标本不易留取，可使用气管或支气管直接吸出法采集标本。采集的标本应立即送检，不能及时送检时应冷藏起来。
3．厌氧菌培养的标本应取气管吸出物，不可用痰液做厌氧菌培养。
4．采集咽喉标本的正确方法：明亮的光线从检查者的肩膀上方照射进张开的口腔，让患者深呼吸，然后发“啊”音，用压舌板轻轻压舌，用拭子来回刮擦咽后部（注意不要接触到口腔和舌黏膜）。
收集标本后，拭子放入无菌管中立即送检，尽量缩短标本采集与处理之间的时间，防止标本干燥。如不能在4h内处理标本，应将拭子放至运送培养基中送检。
1．革兰阳性菌：金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、A群 链球菌、肺炎链球菌、分枝杆菌属细菌、白喉棒状杆菌、炭疽芽孢杆 菌。
2．革兰阴性菌：脑膜炎奈瑟菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、 类杆菌、流感嗜血杆菌、不动杆菌、肠杆菌、军团菌、百日咳鲍特菌、 铜绿假单胞菌、肺炎衣原体。
3．真菌：念珠菌、放线菌、梭形杆菌、奋森螺旋体。
下呼吸道标本(lower respiratory tract specimens)
正常人的下呼吸道基本保持无菌状态。
1．下呼吸道标本主要用于确定肺炎病因。肺炎有70%~80%是 由细菌所引起。其中，社区获得性肺炎最常由肺炎链球菌引起，四 季皆可发生，诱因有受凉、淋雨、疲劳、醉酒等。痰直接涂片可见革 兰阳性双球菌，在白细胞内意义更大。有条件的实验室可测定肺炎 链球菌的荚膜多糖抗原。患者咳出粉红色或铁锈色黏痰，是肺炎链 球菌感染的临床特征之一，这种标本肺炎链球菌的检出率较高。葡 萄球菌性肺炎多为金黄色葡萄球菌引起，大多继发于病毒性肺部 感染后或由血行播散所致，婴幼儿多见。流感嗜血杆菌引起的肺炎 占12%~15%，多发生在4个月至4岁的婴幼儿，免疫功能受损的 大龄儿童和成年人同样易感。
2．在我国，医院获得性肺炎（简称医院内肺炎）在院内感染中 发病率居第一位，死亡率也居首位。医院内革兰阴性杆菌或葡萄球 菌的口咽部寄殖似乎是发生医院内肺炎的前提，口咽部细菌的吸 人在肺炎的发病机制中占最重要的地位。此外，患者仰卧位、胃食 管反流、鼻胃管留置、气管插管或气管切开均可增加口咽部病原菌 的寄殖和肺炎的发生。医院内肺炎多发生于老年、体弱、原有慢性 基础疾病、长期使用糖皮质激素或其他免疫抑制剂治疗、胸腹部手 术后、应用呼吸治疗仪器等的患者，临床表现常不典型，不易及时诊断，加上患者免疫防御功能低下，近年来致病性微生物的增加及其耐药性的改变，给医院内肺炎的防治带来许多困难。医院内肺炎的常见病原菌中一半以上是革兰阴性杆菌，主要有铜绿假单胞菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、沙雷菌属和肠杆菌属、不动杆菌属、流感嗜血杆菌等。革兰阳性菌则主要是金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌等。据国外文献报道，厌氧菌感染约占医院内肺炎的30%，尤其是在老年、患有食管反流、留置鼻胃管和易致误吸的患者中发生率高。
3．从痰液中检出嗜肺军团菌、结核分枝杆菌、放线菌及奴卡菌具有重要临床意义，是确定诊断和治疗的依据。
4．肺部真菌病可由多种真菌引起，最为常见的是白色假丝酵母菌和曲霉菌，曲霉菌中主要为烟曲霉菌，少数为黄曲霉菌、土曲霉菌及黑曲霉菌等，其次是新型隐球菌和毛霉菌，而芽生菌、孢子丝菌、组织胞浆菌及球孢子菌较少见。
5．支原体肺炎又称原发性**型性肺炎，是由肺炎支原体引起，发病率以青少年最多，占各种肺炎的10%~20%，或占非细菌性肺炎的1/3以上，有80%的慢性支气管炎患者合并肺炎支原体感染。从患者痰液中分离出肺炎支原体可明确诊断，但由于培养条件苛刻，所需时间较长，临床实验室常采用血清学检查等方法，有助于早期诊断。衣原体也是呼吸道的重要致病菌。沙眼衣原体可引起婴幼儿的呼吸道疾病，肺炎衣原体可在所有年龄段致病，但多是幼儿和老年人易感。鹦鹉热衣原体常存在于鸟粪中，在某些有观赏鸟类习惯的地区，约lO%以上的肺炎是由鹦鹉热衣原体引起。
6．急性呼吸道感染可由多种病毒引起，其中绝大部分累及上呼吸道，但下呼吸道也可受累，特别在年轻人群中。在非细菌性肺炎中，病毒感染占25%~50%。最常见的为流行性感冒病毒，其他为副流感病毒、鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、单纯疱疹病毒和某些肠道 病毒，如柯萨奇病毒、埃可病毒等，在婴幼儿肺炎和细支气管炎中常见呼吸道合胞病毒。
临床标本采集、处理的注意事项
1．病人预先用水漱口，立即留取标本，污染口咽部细菌的数量可减少，防止唾液污染下呼吸道分泌物标本是困难的，痰少的病人可通过正压呼吸器装置用喷雾盐水诱导。通过正压呼吸器可以有效地获得下呼吸道更有代表性的标本。
2．以下情况需经气管吸出痰液：
(1)病人虚弱而不能自行咳出痰液标本；
(2)常规痰液标本不能发现临床细菌性肺炎的致病菌；
(3)可疑一种厌氧菌的肺部感染。
1．革兰阳性菌：肺炎链球菌、A群链球菌、金黄色葡萄球菌、厌氧球菌、结核分枝杆菌、白喉棒状杆菌、放线菌、奴卡菌、炭疽芽孢杆菌 2．革兰阴性菌：卡他莫拉菌、脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯杆菌、其他肠杆菌科细菌、假单胞菌属细菌、百日咳鲍特菌、军团菌属细菌、多杀巴斯德菌。
3．真菌：念珠菌、丝状真菌。
生殖道标本(genital tract specimens)
正常人的内生殖道无菌，外生殖道及尿道口有正常菌群存在。
1．生殖道标本通常用来确定一些临床并发症如女性的外**炎、细菌性**炎、生殖器溃疡、尿道炎、子宫颈炎、子宫内膜炎、输卵管炎、卵巢囊肿和男性的尿道炎、附睾炎、前列腺炎、生殖器溃疡等的病因。正常人的内生殖道是无菌的，但男女外生殖器和尿道口 等部位均有正常菌群存在，生殖道标本易被生殖道或皮肤表面的正常菌群污染，因此要注意鉴别正常微生物与潜在的病原体。有些病原体，如淋病奈瑟菌、沙眼衣原体、杜氏嗜血杆菌等是常见致病菌，而其他细菌如肠杆菌、金黄色葡萄球菌、B群链球菌则只有在具有某些临床表现时才能视为致病菌。从产科**和会阴部标本分离出B群链球菌有重要意义，因为它可引起严重的脓毒血症和（或）新生儿脑膜炎。
2．生殖系统感染可由多种病原微生物引起。在生殖道感染中性传播疾病(sTD)是一大类与性有关的传染性疾病，常见的有淋病、非淋菌性尿道炎(NGU)、梅毒、尖锐湿疣、念珠菌性**炎、细菌性**炎、生殖器疱疹、软性下疳等。大多通过性接触传播，也有少数通过其他途径传播。
3．慢性前列腺炎常见为葡萄球菌、链球菌、大肠埃希菌或肠球菌、不动杆菌、变形杆菌等细菌的混合感染。老年男性因尿道器械检查而继发的附睾炎多由革兰阴性杆菌引起。细菌性**病是生育期妇女常见的感染性疾病。外阴**念珠菌病由假丝酵母菌（又称念珠菌）引起，其中白色假丝酵母菌约占80%。放线菌属能引起使用官内避孕器的女性患者患盆腔炎。
临床标本采集、处理的注意事项
1．生殖器官是开放性器官，标本采集中要严格遵循无菌操作。
采集**及宫颈口标本时应在窥阴器下操作，尽可能不触及**壁黏膜。
2．淋病奈瑟菌抵抗力弱，并能自溶，所以最好床边接种后立即培养。
3．衣原体为细胞内寄生，标本中必须含有上皮细胞。所以，采集标本时应在宫颈的移行上皮处或距尿道口3~5cm的内尿道停留几十秒钟，转动并擦取内壁上皮细胞。尿道分泌物和尿液不适于 分离衣原体。
4．支原体对热和干燥敏感，取材后宜立即接种，或置于保养液中4℃保存。
1.革兰阳性菌：葡萄球菌属细菌、链球菌属细菌、肠球菌属细菌、消化链球菌、结核分枝杆菌。
2．革兰阴性菌：淋病奈瑟菌、肠杆菌科细菌、拟杆菌属细菌、铜绿假单胞菌、**加德纳菌、杜克雷嗜血杆菌。
3．真菌：念珠菌。
粪便(stool)
肠道内有大量细菌寄居，主要是厌氧菌和革兰阴性菌，为肠道正常菌群。
1．正常成人每克粪便中的菌量达10^11~10^12，其中99%为厌氧菌，主要是类杆菌、真杆菌、双歧杆菌、优杆菌和消化链球菌。这些正常菌群的种类受食物等因素影响，：母乳喂养的婴儿肠道内以革兰阳性菌为主（主要是双歧杆菌、乳酸杆菌），其他人均以革兰阴性菌占优势。肠道病原菌与正常菌群同时存在。
2．引起肠道疾病的微生物多种多样，临床常见的有志贺菌、沙门菌、致腹泻的大肠埃希菌、耶尔森菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌、气单胞菌、类志贺邻单胞菌、弯曲菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌、肉毒芽孢梭菌、产气荚膜芽孢梭菌、酵母菌、曲霉菌、隐孢子虫、阿米巴、贾第鞭毛虫病、轮状病毒等。婴儿肠炎亦可由肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌引起。
3．引起肠道疾病的微生物种类很多，不少要求较特殊的培养。
临床微生物实验室不可能提供适合所有病原菌生长的培养条件，通常是将腹泻标本接种一个分离沙门菌、志贺菌的强选择培养基 （如SS琼脂）和一个弱选择的肠道鉴别培养基，有些实验室还加一个用于检测肠道中优势生长的微生物，如酵母菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌的非选择性培养基（通常用5%羊血琼脂）。因此，很多时候培养结果为阴性，得到的报告为“无志贺、沙门菌生长”。
若怀疑肠道疾病是由其他病原菌引起，则需要临床医生依据患者临床症状、病史、近期旅游史，粪便性状，以及当地常见腹泻致病菌等提出特殊检查的申请并在化验申请单上注明。
4．特定病原的典型临床症状：脓便，见于阿米巴、志贺菌、肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)；血便，见于沙门菌、弯曲菌、志贺菌、EIEC、产志贺毒素大肠埃希菌(ETEC)；“米汤样”便，提示霍乱弧菌；亚急性或慢性腹泻、腹胀，提示贾第鞭毛虫病；阑尾炎症状，提示耶尔森菌；短潜伏期地剧烈呕吐，提示葡萄球菌性食物中毒；冬秋季婴幼儿腹泻，考虑为轮状病毒或其他病毒感染。
5．细菌性痢疾由志贺菌属的细菌引起，潜伏期为24~48h，典型的为脓血、黏液样便，从自愈到严重脱水症状各不一样。沙门菌是由食物引起胃肠炎最常见的原因，在我国发病率很高。沙门菌感染可造成小肠结肠炎、肠伤寒、菌血症、局灶性感染或尿道、肠道长期带菌。沙门菌引起的肠热症，血培养是确诊依据，骨髓培养阳性率较血培养高，特别是已应用抗生素治疗、血培养阴性者。伤寒及副伤寒患者于发病2—3周时进行粪便细菌学检验，阳性率可达75%，但粪便培养阳性的临床意义应结合临床表现，单纯大便培养阳性可为伤寒带菌状态。肥达反应等血清学试验也是临床诊断伤寒的重要指标。对于沙门菌属和志贺菌属分离株，1、2代头孢菌素和氨基糖苷类在临床上无效，通常选用氨苄西林、喹诺酮（不适用于儿童）和复方磺胺甲噁唑（复方新诺明）。对沙门菌属的肠道外感染分离株，还可选用氯霉素和某些第三代头孢菌素。用抗生素治疗沙门菌胃肠炎不能缩短病程，反而延长带菌状态。治疗仅适合于新生儿、艾滋病、镰状细胞贫血、淋巴瘤、白血病、全身性沙门菌病 患者。
6．致腹泻大肠埃希菌主要有产肠毒素大肠埃希菌(ETEC)、肠致病性大肠埃希菌(EPEC)、肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)、肠出血性大肠埃希菌(EHEC)、肠凝聚性大肠埃希菌(EaggEC)等。其中，EHEC最常见的血清型是0157：H7，所致感染可以表现为无症状感染、轻度腹泻、出血性肠炎(Hc)、溶血性尿毒综合征(HuS)、血栓性血小板减少性紫癜CrrP)以出血性肠炎最多见，典型临床表现为腹部剧烈疼痛，先期水样便，继而有类似下消化道出血的血性粪便，低热或不发热，粪便中无炎性排出物。溶血性尿毒综合征主要包括3个症状：急性肾衰、血小板减少症和微血管异常溶血性贫血。是引起儿童急性肾衰的主要病因。血栓性血小板减少性紫癜典型症状包括：发热、血小板减少症、微血管异常溶血性贫血、肾功能异常和神经系统症状。所有血便患者均应常规作0157:H7的培养，尤其在发病季节有指征的患者其粪便检查应包括0157:H7的培养。
7．在我国引起胃肠道感染最常见的弧菌是霍乱弧菌和副溶血弧菌。霍乱是人类烈性肠道传染病，急性霍乱主要表现为呕吐、腹泻（米泔样便）、脱水、电解质紊乱，不治易致死亡。非O1群霍乱弧菌很少引起霍乱样症状，只有胃肠道症状。自O139霍乱弧菌在印度发现以后已成为重要流行株，在常规检验中必须同时使用O1和O139血清对疑似霍乱弧菌进行鉴定。副溶血弧菌感染主要表现为腹部不适、恶心、呕吐，不发热，多自愈，抗生素无效。
8．因肠道茵群失调而发生的腹泻、肠炎等，常为念珠菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌及铜绿假单胞菌等所致。伪膜性肠炎由葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌和厌氧菌中的艰难梭状芽孢杆菌引起。抗生素性腹泻多由艰难梭状芽孢杆菌产生的毒素引起，需要通过检测大便中的毒素做出诊断。肠结核由结核分枝杆菌引起，常继发子开放性肺结核。炭疽的病原菌为炭疽芽孢杆菌，从肠炭疽患者腹泻时的水样便中可检出炭疽芽孢杆菌。
检验与临床医护
9．病毒性胃肠炎的重要病原菌是轮状病毒和诺沃克病毒。脊髓灰质炎病人发病lw的粪便标本中可分离到脊髓灰质炎病毒。
临床标本采集、处理的注意事项
1．大便标本应收集在干净容器中，容器要带有密闭的盖。肛拭子则应插入含有运送培养基的试管中送检。
2．腹泻患者应尽量在急性期(3d以内)、用药前采集新鲜标本送检。按照操作标准，临床微生物实验室可以拒收住院超过3d的患者的大便标本。
3．应留取脓血、黏液、糊状、米泔样等性状异常的粪便标本及时送检。
4．沙门菌引起的肠热症，通常在发病后1~2w内采集血液或骨髓标本，2~3周则留取尿液和粪便标本进行细菌学检验。
5．怀疑是由气单胞菌属、邻单胞菌属、弧菌属等引起的胃肠炎，标本送检时要作特殊申请或在申请单上特别注明，因为它们的选择分离培养基与常规大便培养的完全不同。
6．对疑似细菌性食物中毒的患者，除粪便标本外，还应同时采取呕吐物、可疑剩余食物、胃肠冲洗液及血清等标本分离致病菌或检测毒素。某些食物中毒是由细菌毒素所致，单纯粪便培养结果为阴性并不能排除食物中毒。
1．革兰阳性菌：金黄色葡萄球菌、结核分枝杆菌、蜡样芽孢杆菌、艰难芽孢梭菌。
2．革兰阴性菌：伤寒及其他沙门菌种、志贺菌属细菌、致病大肠埃希菌、弧菌属细菌、气单胞菌属细菌、类志贺邻单胞菌、小肠结肠炎耶尔森菌、弯曲菌属细菌。
3．真菌：念珠菌。
脓液及创面分泌物(pus and wound secretion)
脓液及创面分泌物中不存在正常菌群，但所有创伤表面均可有细菌污染但不一定发生感染，细菌学检查对局部细菌的控制有意义，同时对导致伤口感染、脓肿形成的病原学诊断有重要意义。
1．确定某些皮肤常居菌是否是创伤感染的病原菌时，要注意该菌是否在数量上占优势。目前临床上区分是创伤感染还是污染，主要看细菌向活组织深部侵入的程度及每克组织含细菌量是否达到一定阈值。一般认为每克组织内细菌数量在10^5~10^6以上时即可造成伤口感染。
2．软组织急性化脓性炎症，如毛囊炎、疖、痈最常见的病原菌是金黄色葡萄球菌；急性蜂窝组织炎的致病菌大多是溶血性链球菌或金黄色葡萄球菌、厌氧菌；丹毒是皮肤及网状淋巴管的急性炎症，由β溶血性链球菌从皮肤黏膜的细小伤口入侵所致。
3．化脓性疾病，如甲沟炎等亦多由金黄色葡萄球菌引起；细菌性角膜炎的致病菌包括肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、葡萄球菌，偶有脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌；鼻窦炎的常见致病菌是肺炎链球菌、葡萄球菌、卡他莫拉菌、流感嗜血杆菌、肠杆菌科细菌和真菌，由牙病引起的多为厌氧菌；心包炎的常见细菌有葡萄球菌、链球菌、肺炎链球菌等；化脓性骨髓炎、化脓性关节炎的主要致病菌是金黄色葡萄球菌，其次为溶血性链球菌、肺炎链球菌、大肠埃希菌、伤寒沙门菌等；其他化脓性疾病还有化脓性扁桃体炎、急性化脓性中耳炎、急性化脓性乳突炎、气性坏疽、胆囊炎以及结核性腹膜炎等。
4．脓肿，如扁桃体脓肿、咽部脓肿，常见致病菌为金黄色葡萄球菌、β溶血性链球菌以及a溶血性链球菌；肾皮质化脓性感染、肾皮质脓肿的常见病原菌是金黄色葡萄球菌；脑脓肿以耳源性脑脓肿最多见，多因慢性化脓性中耳炎或乳突炎并发胆脂瘤引起，鼻 源性脑脓肿继发于鼻旁窦的化脓性炎症，较少见，隐源性脑脓肿是原发感染灶不明确的脑脓肿，多是血源性脑脓肿的隐匿型；肺脓肿是由多种细菌引起的肺部化脓性炎症、坏死，形成脓肿；其他部位的脓肿有肝脓肿、脓胸、腹腔脓肿、肾周脓肿以及直肠肛周脓肿等。
5．创伤感染，常见的有术后切口感染和导管感染等，近年来导管引起的感染和败血症的发病率明显上升，主要病原菌是金黄色葡萄球菌和革兰阴性杆菌，凝固酶阴性葡萄球菌如表皮葡萄球菌等也较常见。
6．烧伤创面在早期是无菌的，12h后会出现大量细菌。引起烧伤创面感染的细菌种类很多，以铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌占首位，其次是变形杆菌、溶血性链球菌、大肠埃希菌、粪产碱杆菌、普罗威登斯菌和鲍曼不动杆菌等。
7．耳部位的标本主要有拭子（诊断耳炎）和外耳、中耳液体（诊断中耳炎）。这两个部位潜在感染的细菌有所不同。铜绿假单胞菌常引起外耳炎，也可有其他细菌，但不会有厌氧菌。来自呼吸道的菌群，包括肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌、金黄色葡萄球菌和一些革兰阴性杆菌都可能引起中耳炎，厌氧菌也可引起中耳炎。
临床标本采集、处理的注意事项
1．开放性感染和已破溃的化脓灶标本采集前先用无菌生理盐水冲洗表面污染菌，然后用灭菌拭子采取脓液及病灶深部的分泌物。如果为慢性感染，则往往污染严重，很难分离到致病菌，可取感染部位下的组织送检并要求细菌定量。
2．有几种眼部感染的标本可采集用于微生物学检验，如用拭子或无菌刮勺采取的结膜标本用以诊断结膜炎；结膜刮取物做姬姆萨染色检查上皮细胞中的嗜碱性胞质包涵体可诊断沙眼衣原体感染；用刮勺刮取的角膜标本用以诊断角膜炎；玻璃体液用以诊断 眼内炎；化脓性标本用以诊断蜂窝织炎等。
3．导管治疗引起的感染，应及时采血培养和做导管尖端培养。
对瘘道内脓液，用灭菌拭子挤压瘘管，选取脓液中的“硫磺样颗粒”
送检，也可将灭菌纱布塞人瘘管，次日取出送检。对蜂窝组织炎、坏疽组织，应先用无菌生理盐水或70%乙醇擦拭清洁感染部位，然后用注射器吸取少量无菌生理盐水后抽取标本。针管抽取的位置应是炎症最严重的区域（一般在中心）。对烧伤部位，采集标本前要清创，若要作定量培养，则要采取3~4mm的活检组织切块。
4．对切口部位，也要尽量抽取标本或将拭子插入伤口深处采集标本。采自其底部或脓肿壁上的标本检出率最高，从暴露在空气中的感染灶表面采集的标本容易被污染。
5．对褥疮溃疡部位，原则上不采用拭子标本，应组织活检取材或针管抽取，只有在活检标本难以获得时，才可用拭子在伤口底部采集标本。
6．闭锁性脓肿对毛囊炎、疖、痈和皮下软组织化脓感染，用2.5%~3%碘酊和75%乙醇消毒周围皮肤，然后穿刺抽取脓液，尽量避免送检拭子标本，只有在切开排脓时可以用拭子采集标本；对乳腺脓肿、肺脓肿、肝脓肿、胆囊炎、脑脓肿、肾周脓肿、阑尾脓肿、心包积液等要通过手术引流采集脓液；对胸腔积液、腹腔积液、关节腔积液、盆腔脓肿、肛周脓肿，采用穿刺术抽取标本加入抗凝剂后送检。
1．革兰阳性菌：葡萄球菌属细菌、链球菌属细菌、消化链球菌、炭疽芽孢杆菌、破伤风梭菌、产气荚膜梭菌、溃疡棒状杆菌、结核分枝杆菌、奴卡菌、放线菌。
2．革兰阴性菌：肠杆菌科细菌、假单胞菌属细菌、**谢瓦菌、梭杆菌属细菌、嗜血杆菌属细菌、产碱杆菌属细菌、无色杆菌属细菌、鼠疫耶氏菌、鼻疽假鼻疽伯克霍尔德菌、弧菌属细菌、气单胞菌 属细菌 3．真菌：念珠菌、丝状真菌
组织标本
组织标本正常情况下为无菌的。
1．表浅的皮肤、黏膜感染，有炎症或坏死的组织，如细菌或真菌引起的皮肤烧伤创面感染；厌氧菌引起的牙周炎；真菌引起的各种体癣、头癣等。
2．深部组织感染由病原微生物引起的深部组织感染，包括心脏瓣膜、支气管、肺、肝、胆、脾、胃、十二指肠、直肠、结肠、肠系膜、肾、淋巴结、扁桃体等器官的病变，一般都比较严重，甚至危及生命，且久治不愈，只有通过内镜和手术获得相应的组织标本，才能帮助诊断和治疗。
3．亚急性细菌性心内膜炎最常见的病原菌为草绿色链球菌，其次为金黄色葡萄球菌、肠球菌、革兰阴性杆菌、真菌、布氏杆菌等，一般多由口腔、泌尿生殖道或表浅的皮肤感染侵入，导致菌血症，然后引起心内膜炎。幽门螺杆菌是非自身免疫性慢性胃炎的主要致病菌，活检胃组织的培养和药敏试验可以明确诊断和帮助选择合适抗菌药物治疗。肠结核多由人型结核杆菌引起，约占肠结核患者的90%以上，如果饮用未经消毒的带菌乳制品，也可发生由牛型结核杆菌引起的肠结核。
4．组织定性培养与定量培养组织或活检标本在培养前应研磨成均匀的悬液，注意无菌操作。但用组织标本作真菌培养时，只能用无菌剪刀把组织剪碎，而不能研磨组织碎片，否则可能损坏真菌菌丝。未用完的组织匀浆可在4℃保存几周，以供重复培养或其他培养使用。某些时候需要分析从组织中培养出的细菌是否有临床意义，则需要作定量组织培养。如果每克组织细菌数量≥10^5集 ##第五章常见临床标本的微生物学检验落生成单位(cfu)则认为此组织中存在细菌感染。
临床标本采集、处理的注意事项
1．采集组织标本做细菌学检查时，应同时采集组织标本做病理学检查。做病原体分离的组织标本，不可用甲醛固定。
2．表浅的感染组织和各种窦道标本可用灭菌棉签擦拭、小刀刮取、穿刺抽吸或手术切除，对窦道和瘘管应深部刮取。
3．深部组织标本可在手术过程中采取或穿刺活检或抽取分泌物送检，也可使用相应的内镜采集活检标本。标本置无菌容器并加入少量生理盐水以保持湿度，或置肉汤增菌液中送检。如怀疑为军团菌感染，肺组织切片不要滴加生理盐水（能抑制军团菌生长）。如果怀疑为厌氧菌感染，应把组织放入厌氧的传输系统内立即送检。
4．疑有污染的较大组织块，可用烧红的烙铁烧灼其表面或置沸水中5~lOs使表面变白消除污染后，再用无菌器械切开组织，取中央部位组织送检。
5．尸检标本应于死后迅速采集。室温保存应在4h内取材，4℃保存应在20h内解剖采集，以防肠道菌群等侵入引起污染。
1．革兰阳性菌：葡萄球菌属细菌、链球菌属细菌、消化链球菌、炭疽芽孢杆菌、破伤风梭菌、产气荚膜梭菌、溃疡棒状杆菌，结核分枝杆菌、奴卡菌、放线菌。
2．革兰阴性菌：肠杆菌科细菌、假单胞菌属细菌、**谢瓦菌、梭杆菌属细菌、嗜血杆菌属细菌、产碱杆菌属细菌、无色杆菌属细菌、鼠疫耶氏菌、鼻疽假鼻疽伯克霍尔德菌、弧菌属细菌、气单胞菌属细菌。
3．真菌：念珠菌、丝状真菌。
厌氧菌培养标本
绝大多数无芽孢厌氧菌均存在于人和动物体内，特别是口腔、肠道、上呼吸道、泌尿生殖道等处，同需氧菌与兼性厌氧菌共同构成机体的正常菌群。例如肠道菌群细菌中99.9%是厌氧菌，皮肤、口腔、上呼吸道、女性生殖道的正常菌群中也有80%~90%是厌氧菌。
1．厌氧菌感染是一种内源性感染，病种遍及临床各科。人体各种器官和组织都可发生厌氧菌感染，大部分是与需氧菌混合感染。
常规细菌培养阴性，需考虑厌氧菌感染的可能。即使常规细菌培养阳性，也不能排除厌氧菌混合感染的可能性。
2．厌氧菌感染的临床指征：
(1)感染组织局部产生大量气体，造成组织肿胀和坏死，皮下有捻发音，是产气荚膜梭菌所引起感染的特征。
(2)感染易发生在黏膜及其周围创面，口腔、肠道、鼻咽腔、**等黏膜，均有大量厌氧菌寄生，如果这些部位及其附近有破损，极易发生厌氧菌感染。
(3)深部外伤如枪伤后及人被动物咬伤后的继发感染，均可能是厌氧菌感染。
(4)分泌物有恶臭，或为暗血红色，并在紫外光下发出红色荧光，均可能是厌氧菌感染，分泌物或脓汁中有硫磺颗粒，为放线菌感染。
(5)患者的分泌物涂片经革兰染色，镜检发现有细菌，而常规培养阴性，或在液体及半固体培养基深部长的细菌，均可能为厌氧菌。
(6)长期应用氨基糖苷类抗生素治疗无效的病例，可能是厌氧菌感染。
(7)最近有流产史，以及胃肠手术后发生的感染。
(8)常规血培养阴性的细菌性心内膜炎，并发脓毒症血栓性静脉炎，伴有黄疸的菌血症等，应考虑可能有厌氧菌感染。
3．易感因素：
(1)全身免疫功能下降者或慢性病患者，如糖尿病人易并发厌氧菌性胆囊炎、下肢溃疡、蜂窝组织炎；晚期肿瘤患者感染发热部分是厌氧菌引起的；接受类固醇激素治疗或使用免疫抑制剂的器官移植及胶原病患者；接受放疗和化疗的患者；慢性肝、肾病晚期，慢性酒精中毒者；严重外伤，包括开放性骨折和大面积创伤；口腔、胃肠和女性生殖道进行大手术而严重损伤机体抵抗力者；老年、婴幼儿和早产儿等免疫功能受损或不足，易并发厌氧菌感染；分娩产程过长，羊膜早破引起羊膜炎和子宫内膜炎者，母子均易发生厌氧菌感染。
(2)局部免疫力下降，并具备厌氧菌感染条件者，如因血管损伤、烧伤、动脉硬化、水肿、肿瘤压迫、包扎过紧和有异物等，造成局部组织缺血、低氧、低氧化还原电势，厌氧菌可进入组织大量生长繁殖，导致感染；大面积外伤有需氧菌混合感染，需氧菌耗尽环境中氧气，有利于厌氧菌的繁殖。拔牙或外科手术破坏机体屏障结构，使厌氧菌进入血液。
4．厌氧菌感染的临床：厌氧菌感染以颅内、胸腔、盆腔为多见，占这些部位感染的70%~93%，1/3~2/3为混合感染。临床上常见的厌氧菌感染有如下疾患。
(1)中枢神经系统感染，如非外伤性脑脓肿、厌氧性脑膜炎。
(2)呼吸系统和胸腔内感染，如吸人性肺炎、坏死性肺炎、肺脓肿、脓胸、上呼吸道感染（扁桃体脓肿、鼻窦炎、慢性中耳炎、乳突炎、咽峡炎）。
(3)腹腔内感染，如腹膜炎、肝脓肿、阑尾炎、膈下脓肿、肾脓肿、胆道系统感染、腹腔手术后感染等。
(4)女性生殖系统和盆腔厌氧菌感染，女性生殖道厌氧菌感染 很普遍，可引起外阴、**感染、子官内膜炎和子宫积脓、盆腔脓 肿、输卵管一卵巢脓肿、妇科术后感染、血栓性盆腔静脉炎、分娩前 的羊膜腔炎、感染性流产和产褥感染等。
(5)口腔厌氧菌感染，如牙髓炎、根尖周炎、牙周炎、牙龈脓肿。
(6)骨和关节感染，如化脓性骨髓炎、化脓性关节炎等。
(7)血液及心血管系统的厌氧菌感染，如厌氧菌性败血症、心 内膜炎。
(8)皮肤和软组织的厌氧菌感染，如坏疽、坏死性蜂窝组织炎、 慢性窦道性溃疡、口腔面峡部感染、褥疮、烧伤创面感染、肛周脓肿 等。
(9)新生儿厌氧菌感染，如脐炎、新生儿肺炎、坏死性小肠结肠 炎。
(10)以外毒素致病的厌氧菌感染，如产气荚膜梭菌感染引起 的气性坏疽、食物中毒以及急性出血性坏死性肠炎，破伤风，肉毒 症，抗生素相关性肠炎等。
5．美国全国临床实验室标准化委员会(NCCLS)厌氧菌药物敏 感性试验工作组推荐在以下四种情况下有必要进行厌氧菌的药物 敏感性试验：
(1)为了确定新抗生素对厌氧菌的抗菌模式。
(2)在当地医院对厌氧菌的药敏模式进行定期监测。
(3)在各种地理区域对厌氧菌的药敏模式和耐药趋势进行定 期监测。
(4)提供特异的药敏试验结果以指导医生对特定患者感染的 治疗。厌氧菌药敏试验对特定患者治疗有指导意义的疾病包括：脑 部脓肿、脑膜炎、心内膜炎、难治性或周期性菌血症、骨髓炎、化脓 性关节炎、人工瓣膜及血管的移植性感染。
临床标本采集、处理的注意事项
1．在一般情况下，应从无正常菌群寄居的部位采集标本，用无菌操作抽取体液标本，包括血液、关节液、心包积液、腹腔积液、胸腔积液和膀胱穿刺液、深部脓肿渗出物、经气管抽取的肺渗出物或直接从肺抽取渗出物以及其他组织穿刺液等。
2．采集标本时绝对不能被正常菌群污染。应尽量避免接触空气，多使用针筒抽取，减少标本与空气接触的机会。
3．做厌氧菌培养最理想是能取得组织标本，因厌氧菌在组织中比在渗出物中更易生长，而且组织标本可真实反映出感染过程中的细菌学变化。
4.标本采集后要立即送检，送检过程也必须保持在无菌条件下进行，具体方法可以采用用无菌注射器送检（抽取标本后要排尽空气，并将针头插入无菌橡胶塞）、标本充盈法送检（标本装满标本瓶，驱除空气，加盖后立即送检。粪便作难辨梭菌培养可用此方法），或用商品化的无氧小瓶送检。
5.在正常情况下，厌氧菌可寄居于皮肤和黏膜。此等部位所陪养出的厌氧菌不一定是真正的病原菌，放下列标本无送检价值，不宜做厌氧茵培养：鼻咽拭子、齿龈拭子、痰和气管抽取物、胃和肠道内容物、肛拭、接近皮肤和黏膜的分泌物、褥疮溃疡及黏膜层表面排出的尿或导尿、**或子宫拭子、前列腺分泌物。
1.革兰阳性菌：消化链球菌、破伤风梭菌、产气荚膜梭菌。
2．革兰阴性菌：梭杆菌属细菌。
送检标本是否合格是制约临床实验室检验报告质量的首要因素。如果不能在合适的时间、合适的部位、用合适的方法采集适当的标本，并采用正确的方法保存、送检，准确、有价值的检验报告就无从谈起。这需要医生、护士、患者（及其家属）、检验工作者相互配合、共同努力。临床微生物学检验尤其如此。
脑脊液( cerebrospinal flUld)
正常人脑脊液中没有细菌、病毒等。
1．在病理情况下，血脑屏障受到破坏，病原微生物及其产物进入脑脊液，引起中枢神经系统损害。此时在脑脊液中可检出病原微生物。脑膜炎分为急性和慢性，急性脑膜炎通常由化脓性细菌引起，慢性脑膜炎的病原体包括结核分枝杆菌、梅毒螺旋体、布鲁菌、钩端螺旋体等，症状至少持续4周。
2．细菌性脑膜炎可由多种细菌引起，其中以脑膜炎奈瑟菌引起的流行性脑脊髓膜炎最多见，有的呈爆发型，病情严重，病死率高，多发年龄在5~29岁，主要临床表现为高热、头痛、呕吐、皮肤瘀点及颈项强直等脑膜刺激征，脑脊液呈化脓性改变。本病属乙类传染病，接诊医师及微生物室人员应及时填写传染病卡并按规定及时上报。肺炎链球菌引起的化脓性脑脊髓膜炎主要见于老年人和 婴幼儿，也可见于其他年龄段，常继发于肺炎链球菌性肺炎兼有败血症的病程中，也可继发于中耳炎、乳突炎、鼻窦炎，还可继发于颅脑外伤、颅骨骨折或脑外科手术后。多次发作的复发性脑膜炎的病原菌常为肺炎链球菌。临床表现多是在原发疾病的基础上有高热、头痛、呕吐、嗜睡、昏迷，以及颈项强直、凯尔尼格征阳性等脑膜炎症状。葡萄球菌和链球菌性脑膜炎多为继发性，前者多继发于败血症、局部病变和损伤等，临床上少见；后者多继发于耳鼻喉感染，尤以乳突炎和中耳炎多见。在3个月~5岁儿童的细菌性脑膜炎中，最常见的致病菌是流感嗜血杆菌，占50%以上，病死率约为50%。
并常有上呼吸道感染的症状，可在数小时内突然的、或数天后逐渐地发展为脑膜炎，其症状与其他细菌性脑膜炎相似。李斯特菌病的病原体是产单核细胞李斯特菌，约3/4的患者临床表现为化脓性脑膜炎的症状，不同的是脑脊液中多以单核细胞为主。
3．脑部外伤、神经外科手术和脊髓麻醉等引起的脑膜炎，病原菌通常为大肠埃希菌、变形杆菌、克雷伯菌、枸橼酸杆菌、不动杆菌和肠球菌。脑脊髓分流术所致脑膜炎约有75%为表皮葡萄球菌感染。腰椎穿刺、小脑延髓池穿刺等情况下发生的脑膜炎（接种性脑膜炎），常为铜绿假单胞菌经医疗器械进入髓腔所致。
4．厌氧菌一般不引起脑膜炎，通常不要求做脑脊液的厌氧菌培养。但是，对脑脓肿、硬膜下积液及硬膜外脓肿应做厌氧菌培养。
多达85%的脑脓肿可发现厌氧菌，常见病原菌有类杆菌属、梭状杆菌属、放线菌属、韦荣球菌属和消化链球菌属的细菌，有时可查及厌氧菌和需氧菌（主要是金黄色葡萄球菌和链球菌）的混合感染。
5．下列情况的脑脊液标本需做分枝杆菌检测：来自获得性免疫缺陷综合(AIDS艾滋病)患者；脑脊液淋巴细胞增多；脑脊液葡萄糖值或蛋白质的值异常。
6．隐球菌性脑膜炎的病原体是新型隐球菌，患者死亡率较高，即使在正规抗真菌治疗（推荐使用两性霉素B配合氟胞嘧啶）中病 死率仍高达25%~30%，存活者的复发率为10%～25%，且有近一半患者留有后遗症。多见于艾滋病以及免疫功能低下、患有自身免疫性疾病等的患者。
7．病毒性脑膜炎是指由急性病毒性感染累及到脑脊髓膜的一种临床综合征，主要临床表现为发热、头痛和脑膜刺激征，脑脊液检查为无菌性炎症改变。可由多种病毒引起，主要有肠道病毒中的柯萨奇病毒、埃可病毒和肠道病毒70.71血清型，虫媒病毒中的日本脑炎病毒和森林脑炎病毒，疱疹病毒中的单纯疱疹病毒、水痘一带状疱疹病毒、巨细胞病毒和EB病毒，呼吸道病毒中的2型和3型副流感病毒、流感病毒、腺病毒、腮腺炎病毒、风疹病毒和麻疹病毒，以及淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒、人类免疫缺陷病毒等。本病多数为良性、自限性过程，临床过程通常较短且患者预后好，但少数抗体缺乏患儿的肠道病毒脑膜炎易进展为脑实质受累的脑膜炎，病死率可高达1 0%~74%。限于目前实验室检测技术，引起病毒性脑膜炎的许多病毒还难以从临床标本中检测出。
1．脑脊液通常收集到3支试管内，第3管作培养，以减少皮肤污染的机会。
2．脑脊液采集后，置于无菌试管中，15分钟内送实验室，绝不可冷藏。
3．每种检验需要最小量：细菌培养≥Iml，真菌培养≥2ml，抗酸杆菌培养≥2ml。
1．革兰阳性菌：肺炎链球菌、B群链球菌、A群链球菌、消化链球菌、结核分枝杆菌、产单核李斯特菌、炭疽芽孢杆菌、葡萄球菌。
2．革兰阴性菌：脑膜炎奈瑟菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、卡他布兰汉菌、类杆菌、不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、流感嗜血杆菌。
3．病毒：乙型脑炎病毒、柯萨奇病毒A、柯萨奇病毒B、脊髓灰质炎病毒、新肠道病毒68~71型、狂犬病毒。
4．真菌及其他：新生隐球菌、白假丝酵母菌、钩端螺旋体。
血液及骨髓(blood and bone marrowl)
正常人血液及骨髓中没有细菌、病毒等。
1．正常人体的血液和骨髓内是无菌的。当人体局部感染向全身播散和出现全身感染时，血液中可出现细菌，依程度不同分为菌血症、败血症或毒血症、脓毒血症。当细菌侵入骨髓可引起严重的骨髓炎。
2．由疖、痈、脓肿、烧伤创面及呼吸道感染等原发病灶继发的菌亦症，病原菌多为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)和凝固酶阴性葡萄球菌，此类菌血症常可引起迁延性损害，并发心内膜炎等。
3．由泌尿生殖道、消化道和腹腔感染等原发病灶继发的菌血症，病原菌多为肠球菌，此菌可对多种抗生素耐药，病情较重，且易并发心内膜炎等。
4．机体免疫功能低下的病人常可出现革兰阴性杆菌引发的菌血症。
5．使用抑制细菌细胞壁合成的抗生素药物后，常可发生L型细菌引发的菌血症，常见L型菌有葡萄球菌、链球菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、沙门菌、克雷白杆菌、结核分枝杆菌和布氏杆菌等。
6．肝硬化、糖尿病、尿毒症、恶性肿瘤和新生儿易发生厌氧菌败血症，病原菌多为脆弱拟杆菌、厌氧球菌等。
7．机体抵抗力低下的菌群失调患者可发生真菌性败血症，病原菌有念珠菌、曲霉菌和毛霉菌，此症常可播散累及肝、肺和心内膜等。
8．ICU应用免疫抑制药物、气管切开、各种导管插管、透析疗 法、器官移植等诊治措施的重症患者及具有严重基础性疾病的老年患者可发生医院感染菌血症，此类病人感染常非常严重，又因医院感染多为耐药菌，情况复杂疗效差。
9．采血指征：对入院的危重患者未进行系统性抗生素治疗时，应及时进行血液培养，患者出现以下临床表现时可作为采集血培养的重要指征：
(l)发热(≥38℃)或低体温(<36℃)。以间歇弛张热多见，革兰阴性杆菌，如大肠埃希菌引起的感染可见双峰热。
(2)寒战。
(3)白细胞增多(>lOx10^9/L)，特别是伴有“核左移”。
(4)粒细胞减少(成熟的多形核白细胞<lx10^9/L)。
(5)血小板减少。
(6)皮肤、黏膜出血：常见于溶血性链球菌感染的菌血症，伤寒病人第4~10天可出现玫瑰疹，斑疹伤寒第4~6天可出现暗红色斑丘血疹。
(7)昏迷：严重毒血症可致昏迷或休克。
(8)多器官衰竭。
(9)血压降低。
(10)呼吸加快。
(II)肝脾肿大：常见于革兰阴性杆菌败血症的原发病灶在肝胆系统的患者。
(12)关节疼痛。
(13)老年菌血症患者可能不发热或不低体温，如伴有身体不适、肌痛或卒中，可能是感染性心内膜炎的重要指征。
IO-局部感染：
(1)如脑膜炎、心内膜炎、肺炎、肾盂肾炎、腹腔内脓肿及烧伤等。
(2)血液病：如白血病、再生障碍性贫血、粒细胞缺乏症等，以 及恶性肿瘤，尤其是淋巴瘤及多发性骨髓瘤。
(3)长期输液和介入性治疗患者。
(4)血液透析患者。
(5)重症监护室(ICU)的患者。
(6)获得性免疫缺陷综合征（艾滋病）患者。
1．防止皮肤寄生菌或环境微生物引起的污染是血培养的关键问题。即使在理想的消毒条件下，仍有3%~5%血培养中混有污染菌，它们来源于皮肤（表皮葡萄球菌、痤疮丙酸杆菌、梭杆菌属、类白喉杆菌）或环境（革兰阳性芽孢杆菌、不动杆菌属）。这些微生物有时能致病。对于两次不同部位血培养生长同一种微生物，微生物快速生长(<48h)等情况下可考虑是感染。文献报道的病例回顾性调查分析显示：1995~1999年血中分离的70例凝固酶阴性葡萄球菌，入院48h内检出者39.3%(24例)为污染菌，48h后检出的9例100%为污染菌。结果提示血培养中凝固酶阴性葡萄球菌污染率较高。因此，采血前严格执行消毒程序非常重要，应对临床护士做专门的、严格的培训。
2．留取血培养标本时，为防止皮肤寄生菌污染，可使用消毒剂（碘酊或碘伏）对皮肤进行严格仔细的消毒处理，最大限度地降低皮肤污染。皮肤消毒严格按以下三步法进行：170%乙醇擦拭静脉穿刺部位待30s以上。2用一根碘酊或碘伏棉签消毒皮肤，1%~2%碘酊作用30s或10%碘伏作用60s，从穿刺点向外以1.5~2cm直径画圈进行消毒。370%乙醇脱碘（碘仿“iodophon”不用酒精脱）。严格执行三步消毒后，可行静脉穿刺采血。注意：对碘过敏的患者只能用70%乙醇消毒，消毒60s，待穿刺部位乙醇挥发干燥后穿刺采血。最后，将注射器针头在乙醇灯火焰上烧灼后再注入培养瓶中或更换注射器针头后再注入培养瓶中。
3．采血数量和时间大多数学者主张，24小时内血培养3次 以上，阳性结果并没有明显增加。在已确诊的败血症病例中，从3次血培养中发现微生物的累积率为99%或更高。在体温升高时进行血培养是理想的，因为这个时间血循环中微生物的浓度最高，由于体温升高通常不能预知，一般推荐常规血培养至少应间隔1小时，从不同静脉穿刺位置获得血标本。正常情况下的防御机制从血循环中清除细菌大约需要30min的，因此，至少间隔1h的连续静脉穿刺所获得的阳性血培养结果证明是真正的败血症，而不是菌血症。
4．采血时间关系到血培养的成功与否。对间歇性寒战，应该估计寒战或体温高峰时间，在其到来之前采血，因为细菌进入血流与寒战发作通常间隔th，由于细菌很快会从血流中清除，发热时血液中可能已没有细菌。但实际上，血培养通常在寒战或发热后进行，这也是某些临床实验室血培养阳性率低的原因之一。当预测寒战或高热时间存在困难时，应在寒战或发热时尽快抽血培养。另外，采集血培养都应该在使用抗生素之前进行，用过抗生素治疗可能导致血培养结果阴性，微生物延迟生长更为常见。目前很多种血培养瓶中加入了树脂或活性炭等以吸附血液中的抗生素，也仅是部分解决了这一问题。对已应用抗生素且病情不允许停药的患者也应在下一次用药之前采血。
5．采血量每个培养瓶抽取的血量是10～20mL．送检时要注意保温(25—37℃)，切忌冷冻保存。
1．革兰阳性菌：金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、肺炎链球菌、B群链球菌、A群链球菌、肠球菌、结核分枝杆菌、产单核李斯特菌、**加德纳菌。
2．革兰阴性菌：脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌、卡他布兰汉菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、克雷伯杆菌、肠杆菌、变形杆菌、沙雷菌、沙门菌、不动杆菌、嗜肺军团菌、嗜血杆菌。
3．厌氧菌：类杆菌、产气荚膜梭菌。
4．病毒：乙型脑炎病毒、柯萨奇病毒A、柯萨奇病毒B、脊髓灰质炎病毒、新肠道病毒68~71型、狂犬病毒。
5．真菌及其他：念珠菌、曲霉菌、隐球菌、球孢子菌。
尿液(urine)
正常人尿液无菌。
1．泌尿道感染包括尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎和无症状的菌尿症等。泌尿系统感染的发病率高，彻底治愈率低。上尿路感染主要是肾盂肾炎，下尿路感染主要为尿道炎和膀胱炎，上、下尿路感染往往并存，发生在任何部位的感染灶如不能早期发现和及时治疗，病变迟早都会侵犯整个系统，一部分病例反复发作能引起肾脏进行性损害，甚至发生尿毒症或肾性高血压，因此对泌尿系统感染必须予以足够的重视。
2．单有细菌侵入泌尿系统不一定引起感染，常同时伴有其他危险因素，如先天性泌尿系畸形、尿路梗阻、代谢性疾病、尿路的器械检查、输尿管逆流、尿路结石等。
3．泌尿道感染常见病原菌：60%~80%为革兰阴性杆菌，其中以大肠埃希菌最为常见，占70%以上，其次为变形杆菌、铜绿假单胞菌、克雷伯菌、肠杆菌、沙雷菌、产气肠杆菌、沙门菌等。20%为革兰阳性菌，其中以肠球菌多见，其次为葡萄球菌、链球菌、结核分枝杆菌，少数为厌氧菌等。支原体、衣原体、真菌感染呈上升趋势。
4．钩端螺旋体引起的钩端螺旋体病能造成多器官广泛损伤，其主要累及肾小管，严重者可有急性肾小管坏死。在发病后第2周起至恢复后一段时间内，尿中钩体检出阳性率较高。引起非淋菌性尿道炎(NGU)的主要病原体是解尿脲原体(Uu)、人型支原体(Mh)和生殖道支原体(Mg)。引起尿路感染的病毒常为单纯疱疹病毒和巨 细胞病毒。溶血性尿毒症综合征(HUS)的病原体可为多种病毒，最常见的是肠道病毒属中的柯萨奇病毒和埃可病毒，其他病毒有流感病毒、鼻病毒、腮腺炎病毒、EB病毒等。
5．正常人尿液是无菌的。但尿道口正常情况下存在多种细菌，主要是凝固酶阴性葡萄球菌，其次是肠球菌、类白喉棒状杆菌、枯草芽孢杆菌、微球菌、大肠埃希菌、变形杆菌、卡他布兰汉菌等，采用非侵入手段采集尿标本时易被污染。同时，这些细菌又是尿路感染中常见的病原菌。因此，一方面，尿液标本的采集必须严格无菌操作；另一方面，定量培养、菌落计数是必要的，以便将共生菌与潜在的病原菌区分开。
(1)每毫升尿液细菌数少于10^4时可能没有尿路感染，但如果尿液是通过膀胱穿刺直接来源于膀胱，每毫升细菌数少于10^4时也有临床意义； (2)若每毫升尿液中细菌数目为10^4~10^5且患者没有症状，则应重复检测1次，如果2次定量培养结果相同，则有临床意义； (3)若每毫升尿液中细菌数目为10^4~10^5，患者有尿路感染症状，尿液中只存在1种或2种细菌，则有临床意义； (4)若每毫升尿液细菌数多于10^5，且只存在1种或2种细菌，则有临床意义，包括无症状的女性患者。
(5)有3种以上细菌生长时应考虑污染，重新留取标本。
临床标本采集、处理的注意事项
1．下列情况可影响定量培养的结果，需要临床医生、护理人员综合考虑：
(1)在应用了对病原菌低敏感性的抗菌药物、高尿酸浓度、高渗透压、尿液pH失常(pH在5.0以下或8.5以上)等情况时，虽有感染存在，但尿液能抑制细菌繁殖，使细菌数减少； (2)患者因大量饮水、大量输液或应用利尿剂，而使尿液被过 度稀释；尿频时，膀胱内细菌停留时间短则细菌数少。
2．任何方法采集尿液都应严格遵守在用药前进行，因为治疗中所用药物或其分解产物，绝大多数是通过尿液排泄，容易造成假阴性结果。
3．一定要严格无菌操作，必要时导尿或膀胱穿刺留尿标本，也可在无菌操作下取尿道脓液或分泌物标本。
4．通常收集晨起第一次尿液的清洁中段尿立即送检，不能立即送检的应冷藏保存，否则尿中病原菌可在室温中增殖而影响细菌计数的正确性。但用于病毒分离培养的尿标本不能经低温保存，必须新鲜接种培养。
5．尿液标本中不得加防腐剂及消毒剂，否则会影响检出的阳性率。
1．革兰阳性菌：金黄色葡萄球菌、腐生葡萄球菌、表皮葡萄球菌、肠球菌、链球菌属细菌、棒状杆菌属细菌、分枝杆菌属细菌。
2．革兰阴性菌：淋病奈瑟菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、变形杆菌、沙雷菌、沙门菌、假单胞菌属细菌。
3．真菌：念珠菌。
上呼吸道标本(upper respiratory tract specimens)
正常人的上呼吸道中有许多共生菌存在。
1．上呼吸道通常指的是口咽部和鼻咽部，由于中耳通过咽鼓管连接后咽部，因此也将其归为上呼吸道的一部分。正常人的上呼吸道有许多常居菌寄生，主要有a溶血性链球菌、奈瑟菌属、表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、嗜血杆菌、类白喉棒状杆菌以及大量的厌氧菌。在正常情况下，这些细菌是不致病的。但在机体全身或局部抵抗力减低或其他外因影响下，它们可以致病，并可以侵入下呼吸道引起感染。因此，在上呼吸道标本的微生物学检验中，几乎每一份鼻、咽、喉拭子都是有菌的，分离出来的病原微生物是否与疾病有关，需要临床医生和微生物学检验人员共同根据病原微生物的特点及其检出数量、患者的临床症状等各方面综合分析，作出正确判断。
2．急性咽炎是上呼吸道最常见的感染。主要有三种病原：A群链球菌、病毒及白喉杆菌。除培养外，目前有许多用于快速检测A群链球菌的成品试剂，如酶免疫分析法(EIA)、发光免疫法、分子生物学方法等。猩红热一般继发于A群链球菌引起的上呼吸道感染，患者治疗前咽拭培养的阳性率可高达97.9%。白喉杆菌大多在儿童中引发感染，表现为蓝白色或灰色的膜覆盖咽后部，伴有下部及周围组织水肿，从而区别于急性链球菌性咽炎（火红的咽喉）o最常见的是病毒感染，常由腺病毒、EB病毒、柯萨奇A病毒引起。应用免疫荧光技术及酶联免疫吸附测定(ELISA)方法检测患者鼻咽分泌物细胞内的病毒抗原，可获得早期快速诊断。还可取患者急性期和恢复期的双份血清标本进行补体结合抗体或中和抗体检测，抗体滴度有4倍以上升高时，提示为近期感染，有助于诊断。
3．急性细菌性鼻炎、鼻前庭炎、鼻腔疖肿、鼻中隔脓肿、鼻窦炎等的主要病原菌是金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、肺炎链球菌和流感嗜血杆菌，铜绿假单胞菌、脑膜炎奈瑟菌也可致鼻窦炎。慢性鼻窦炎多数为厌氧菌和需氧菌混合感染所致。
4．咽拭子标本有助于确定会厌炎的病原体，多是由流感嗜血杆菌b型引起，也可由金黄色葡萄球菌或肺炎链球菌引起。病程进展快的蜂窝组织炎有可能引起气道阻塞。
5．寄生于口咽部的草绿色链球菌是亚急性细菌性心内膜炎最常见的病原菌。医院感染引起的支气管炎或肺炎，常为寄殖于咽部的肺炎克雷伯菌、产气肠杆菌等肠杆菌科细菌所致。流行性脑脊髓膜炎带菌者的鼻咽拭子中可分离出脑膜炎奈瑟菌，主要用于带菌者调查。
6．百日咳是一种急性呼吸道感染性疾病，由百日咳鲍特菌引起，在无免疫力的婴幼儿病情尤为严重。发病初期，患者鼻咽拭子培养的细菌检出率最高。
7．急性坏死性溃疡性咽峡炎、扁桃体炎的病原体是奋森螺旋体和梭杆菌，这两种病原体寄生于正常人口腔齿龈部，属条件致病菌，当机体抵抗力下降，如局部组织损伤，维生素A、维生素C等缺乏或严重感染时，大量繁殖，协同致病。因此通常出现在口腔卫生不好的成年人及患有严重基础疾病的患者。此病多伴有败血症，因此应同时考虑做血培养。
临床标本采集、处理的注意事项
1．痰液标本的采集应尽可能在应用抗生素前留取标本。
2．标本采集是否合格直接影响到检验结果的正确性。以清晨为好（多数患者清晨痰量较多，且含菌量也多），先用盐水或凉开水漱口3次（包括咽部），气管深部咳痰，为防止气管壁分泌物污染，弃第一口痰，留取第二口痰。如果痰液标本不易留取，可使用气管或支气管直接吸出法采集标本。采集的标本应立即送检，不能及时送检时应冷藏起来。
3．厌氧菌培养的标本应取气管吸出物，不可用痰液做厌氧菌培养。
4．采集咽喉标本的正确方法：明亮的光线从检查者的肩膀上方照射进张开的口腔，让患者深呼吸，然后发“啊”音，用压舌板轻轻压舌，用拭子来回刮擦咽后部（注意不要接触到口腔和舌黏膜）。
收集标本后，拭子放入无菌管中立即送检，尽量缩短标本采集与处理之间的时间，防止标本干燥。如不能在4h内处理标本，应将拭子放至运送培养基中送检。
1．革兰阳性菌：金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、A群 链球菌、肺炎链球菌、分枝杆菌属细菌、白喉棒状杆菌、炭疽芽孢杆 菌。
2．革兰阴性菌：脑膜炎奈瑟菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、 类杆菌、流感嗜血杆菌、不动杆菌、肠杆菌、军团菌、百日咳鲍特菌、 铜绿假单胞菌、肺炎衣原体。
3．真菌：念珠菌、放线菌、梭形杆菌、奋森螺旋体。
下呼吸道标本(lower respiratory tract specimens)
正常人的下呼吸道基本保持无菌状态。
1．下呼吸道标本主要用于确定肺炎病因。肺炎有70%~80%是 由细菌所引起。其中，社区获得性肺炎最常由肺炎链球菌引起，四 季皆可发生，诱因有受凉、淋雨、疲劳、醉酒等。痰直接涂片可见革 兰阳性双球菌，在白细胞内意义更大。有条件的实验室可测定肺炎 链球菌的荚膜多糖抗原。患者咳出粉红色或铁锈色黏痰，是肺炎链 球菌感染的临床特征之一，这种标本肺炎链球菌的检出率较高。葡 萄球菌性肺炎多为金黄色葡萄球菌引起，大多继发于病毒性肺部 感染后或由血行播散所致，婴幼儿多见。流感嗜血杆菌引起的肺炎 占12%~15%，多发生在4个月至4岁的婴幼儿，免疫功能受损的 大龄儿童和成年人同样易感。
2．在我国，医院获得性肺炎（简称医院内肺炎）在院内感染中 发病率居第一位，死亡率也居首位。医院内革兰阴性杆菌或葡萄球 菌的口咽部寄殖似乎是发生医院内肺炎的前提，口咽部细菌的吸 人在肺炎的发病机制中占最重要的地位。此外，患者仰卧位、胃食 管反流、鼻胃管留置、气管插管或气管切开均可增加口咽部病原菌 的寄殖和肺炎的发生。医院内肺炎多发生于老年、体弱、原有慢性 基础疾病、长期使用糖皮质激素或其他免疫抑制剂治疗、胸腹部手 术后、应用呼吸治疗仪器等的患者，临床表现常不典型，不易及时诊断，加上患者免疫防御功能低下，近年来致病性微生物的增加及其耐药性的改变，给医院内肺炎的防治带来许多困难。医院内肺炎的常见病原菌中一半以上是革兰阴性杆菌，主要有铜绿假单胞菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、沙雷菌属和肠杆菌属、不动杆菌属、流感嗜血杆菌等。革兰阳性菌则主要是金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌等。据国外文献报道，厌氧菌感染约占医院内肺炎的30%，尤其是在老年、患有食管反流、留置鼻胃管和易致误吸的患者中发生率高。
3．从痰液中检出嗜肺军团菌、结核分枝杆菌、放线菌及奴卡菌具有重要临床意义，是确定诊断和治疗的依据。
4．肺部真菌病可由多种真菌引起，最为常见的是白色假丝酵母菌和曲霉菌，曲霉菌中主要为烟曲霉菌，少数为黄曲霉菌、土曲霉菌及黑曲霉菌等，其次是新型隐球菌和毛霉菌，而芽生菌、孢子丝菌、组织胞浆菌及球孢子菌较少见。
5．支原体肺炎又称原发性**型性肺炎，是由肺炎支原体引起，发病率以青少年最多，占各种肺炎的10%~20%，或占非细菌性肺炎的1/3以上，有80%的慢性支气管炎患者合并肺炎支原体感染。从患者痰液中分离出肺炎支原体可明确诊断，但由于培养条件苛刻，所需时间较长，临床实验室常采用血清学检查等方法，有助于早期诊断。衣原体也是呼吸道的重要致病菌。沙眼衣原体可引起婴幼儿的呼吸道疾病，肺炎衣原体可在所有年龄段致病，但多是幼儿和老年人易感。鹦鹉热衣原体常存在于鸟粪中，在某些有观赏鸟类习惯的地区，约lO%以上的肺炎是由鹦鹉热衣原体引起。
6．急性呼吸道感染可由多种病毒引起，其中绝大部分累及上呼吸道，但下呼吸道也可受累，特别在年轻人群中。在非细菌性肺炎中，病毒感染占25%~50%。最常见的为流行性感冒病毒，其他为副流感病毒、鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、单纯疱疹病毒和某些肠道 病毒，如柯萨奇病毒、埃可病毒等，在婴幼儿肺炎和细支气管炎中常见呼吸道合胞病毒。
临床标本采集、处理的注意事项
1．病人预先用水漱口，立即留取标本，污染口咽部细菌的数量可减少，防止唾液污染下呼吸道分泌物标本是困难的，痰少的病人可通过正压呼吸器装置用喷雾盐水诱导。通过正压呼吸器可以有效地获得下呼吸道更有代表性的标本。
2．以下情况需经气管吸出痰液：
(1)病人虚弱而不能自行咳出痰液标本；
(2)常规痰液标本不能发现临床细菌性肺炎的致病菌；
(3)可疑一种厌氧菌的肺部感染。
1．革兰阳性菌：肺炎链球菌、A群链球菌、金黄色葡萄球菌、厌氧球菌、结核分枝杆菌、白喉棒状杆菌、放线菌、奴卡菌、炭疽芽孢杆菌 2．革兰阴性菌：卡他莫拉菌、脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯杆菌、其他肠杆菌科细菌、假单胞菌属细菌、百日咳鲍特菌、军团菌属细菌、多杀巴斯德菌。
3．真菌：念珠菌、丝状真菌。
生殖道标本(genital tract specimens)
正常人的内生殖道无菌，外生殖道及尿道口有正常菌群存在。
1．生殖道标本通常用来确定一些临床并发症如女性的外**炎、细菌性**炎、生殖器溃疡、尿道炎、子宫颈炎、子宫内膜炎、输卵管炎、卵巢囊肿和男性的尿道炎、附睾炎、前列腺炎、生殖器溃疡等的病因。正常人的内生殖道是无菌的，但男女外生殖器和尿道口 等部位均有正常菌群存在，生殖道标本易被生殖道或皮肤表面的正常菌群污染，因此要注意鉴别正常微生物与潜在的病原体。有些病原体，如淋病奈瑟菌、沙眼衣原体、杜氏嗜血杆菌等是常见致病菌，而其他细菌如肠杆菌、金黄色葡萄球菌、B群链球菌则只有在具有某些临床表现时才能视为致病菌。从产科**和会阴部标本分离出B群链球菌有重要意义，因为它可引起严重的脓毒血症和（或）新生儿脑膜炎。
2．生殖系统感染可由多种病原微生物引起。在生殖道感染中性传播疾病(sTD)是一大类与性有关的传染性疾病，常见的有淋病、非淋菌性尿道炎(NGU)、梅毒、尖锐湿疣、念珠菌性**炎、细菌性**炎、生殖器疱疹、软性下疳等。大多通过性接触传播，也有少数通过其他途径传播。
3．慢性前列腺炎常见为葡萄球菌、链球菌、大肠埃希菌或肠球菌、不动杆菌、变形杆菌等细菌的混合感染。老年男性因尿道器械检查而继发的附睾炎多由革兰阴性杆菌引起。细菌性**病是生育期妇女常见的感染性疾病。外阴**念珠菌病由假丝酵母菌（又称念珠菌）引起，其中白色假丝酵母菌约占80%。放线菌属能引起使用官内避孕器的女性患者患盆腔炎。
临床标本采集、处理的注意事项
1．生殖器官是开放性器官，标本采集中要严格遵循无菌操作。
采集**及宫颈口标本时应在窥阴器下操作，尽可能不触及**壁黏膜。
2．淋病奈瑟菌抵抗力弱，并能自溶，所以最好床边接种后立即培养。
3．衣原体为细胞内寄生，标本中必须含有上皮细胞。所以，采集标本时应在宫颈的移行上皮处或距尿道口3~5cm的内尿道停留几十秒钟，转动并擦取内壁上皮细胞。尿道分泌物和尿液不适于 分离衣原体。
4．支原体对热和干燥敏感，取材后宜立即接种，或置于保养液中4℃保存。
1.革兰阳性菌：葡萄球菌属细菌、链球菌属细菌、肠球菌属细菌、消化链球菌、结核分枝杆菌。
2．革兰阴性菌：淋病奈瑟菌、肠杆菌科细菌、拟杆菌属细菌、铜绿假单胞菌、**加德纳菌、杜克雷嗜血杆菌。
3．真菌：念珠菌。
粪便(stool)
肠道内有大量细菌寄居，主要是厌氧菌和革兰阴性菌，为肠道正常菌群。
1．正常成人每克粪便中的菌量达10^11~10^12，其中99%为厌氧菌，主要是类杆菌、真杆菌、双歧杆菌、优杆菌和消化链球菌。这些正常菌群的种类受食物等因素影响，：母乳喂养的婴儿肠道内以革兰阳性菌为主（主要是双歧杆菌、乳酸杆菌），其他人均以革兰阴性菌占优势。肠道病原菌与正常菌群同时存在。
2．引起肠道疾病的微生物多种多样，临床常见的有志贺菌、沙门菌、致腹泻的大肠埃希菌、耶尔森菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌、气单胞菌、类志贺邻单胞菌、弯曲菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌、肉毒芽孢梭菌、产气荚膜芽孢梭菌、酵母菌、曲霉菌、隐孢子虫、阿米巴、贾第鞭毛虫病、轮状病毒等。婴儿肠炎亦可由肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌引起。
3．引起肠道疾病的微生物种类很多，不少要求较特殊的培养。
临床微生物实验室不可能提供适合所有病原菌生长的培养条件，通常是将腹泻标本接种一个分离沙门菌、志贺菌的强选择培养基 （如SS琼脂）和一个弱选择的肠道鉴别培养基，有些实验室还加一个用于检测肠道中优势生长的微生物，如酵母菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌的非选择性培养基（通常用5%羊血琼脂）。因此，很多时候培养结果为阴性，得到的报告为“无志贺、沙门菌生长”。
若怀疑肠道疾病是由其他病原菌引起，则需要临床医生依据患者临床症状、病史、近期旅游史，粪便性状，以及当地常见腹泻致病菌等提出特殊检查的申请并在化验申请单上注明。
4．特定病原的典型临床症状：脓便，见于阿米巴、志贺菌、肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)；血便，见于沙门菌、弯曲菌、志贺菌、EIEC、产志贺毒素大肠埃希菌(ETEC)；“米汤样”便，提示霍乱弧菌；亚急性或慢性腹泻、腹胀，提示贾第鞭毛虫病；阑尾炎症状，提示耶尔森菌；短潜伏期地剧烈呕吐，提示葡萄球菌性食物中毒；冬秋季婴幼儿腹泻，考虑为轮状病毒或其他病毒感染。
5．细菌性痢疾由志贺菌属的细菌引起，潜伏期为24~48h，典型的为脓血、黏液样便，从自愈到严重脱水症状各不一样。沙门菌是由食物引起胃肠炎最常见的原因，在我国发病率很高。沙门菌感染可造成小肠结肠炎、肠伤寒、菌血症、局灶性感染或尿道、肠道长期带菌。沙门菌引起的肠热症，血培养是确诊依据，骨髓培养阳性率较血培养高，特别是已应用抗生素治疗、血培养阴性者。伤寒及副伤寒患者于发病2—3周时进行粪便细菌学检验，阳性率可达75%，但粪便培养阳性的临床意义应结合临床表现，单纯大便培养阳性可为伤寒带菌状态。肥达反应等血清学试验也是临床诊断伤寒的重要指标。对于沙门菌属和志贺菌属分离株，1、2代头孢菌素和氨基糖苷类在临床上无效，通常选用氨苄西林、喹诺酮（不适用于儿童）和复方磺胺甲噁唑（复方新诺明）。对沙门菌属的肠道外感染分离株，还可选用氯霉素和某些第三代头孢菌素。用抗生素治疗沙门菌胃肠炎不能缩短病程，反而延长带菌状态。治疗仅适合于新生儿、艾滋病、镰状细胞贫血、淋巴瘤、白血病、全身性沙门菌病 患者。
6．致腹泻大肠埃希菌主要有产肠毒素大肠埃希菌(ETEC)、肠致病性大肠埃希菌(EPEC)、肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)、肠出血性大肠埃希菌(EHEC)、肠凝聚性大肠埃希菌(EaggEC)等。其中，EHEC最常见的血清型是0157：H7，所致感染可以表现为无症状感染、轻度腹泻、出血性肠炎(Hc)、溶血性尿毒综合征(HuS)、血栓性血小板减少性紫癜CrrP)以出血性肠炎最多见，典型临床表现为腹部剧烈疼痛，先期水样便，继而有类似下消化道出血的血性粪便，低热或不发热，粪便中无炎性排出物。溶血性尿毒综合征主要包括3个症状：急性肾衰、血小板减少症和微血管异常溶血性贫血。是引起儿童急性肾衰的主要病因。血栓性血小板减少性紫癜典型症状包括：发热、血小板减少症、微血管异常溶血性贫血、肾功能异常和神经系统症状。所有血便患者均应常规作0157:H7的培养，尤其在发病季节有指征的患者其粪便检查应包括0157:H7的培养。
7．在我国引起胃肠道感染最常见的弧菌是霍乱弧菌和副溶血弧菌。霍乱是人类烈性肠道传染病，急性霍乱主要表现为呕吐、腹泻（米泔样便）、脱水、电解质紊乱，不治易致死亡。非O1群霍乱弧菌很少引起霍乱样症状，只有胃肠道症状。自O139霍乱弧菌在印度发现以后已成为重要流行株，在常规检验中必须同时使用O1和O139血清对疑似霍乱弧菌进行鉴定。副溶血弧菌感染主要表现为腹部不适、恶心、呕吐，不发热，多自愈，抗生素无效。
8．因肠道茵群失调而发生的腹泻、肠炎等，常为念珠菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌及铜绿假单胞菌等所致。伪膜性肠炎由葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌和厌氧菌中的艰难梭状芽孢杆菌引起。抗生素性腹泻多由艰难梭状芽孢杆菌产生的毒素引起，需要通过检测大便中的毒素做出诊断。肠结核由结核分枝杆菌引起，常继发子开放性肺结核。炭疽的病原菌为炭疽芽孢杆菌，从肠炭疽患者腹泻时的水样便中可检出炭疽芽孢杆菌。
检验与临床医护
9．病毒性胃肠炎的重要病原菌是轮状病毒和诺沃克病毒。脊髓灰质炎病人发病lw的粪便标本中可分离到脊髓灰质炎病毒。
临床标本采集、处理的注意事项
1．大便标本应收集在干净容器中，容器要带有密闭的盖。肛拭子则应插入含有运送培养基的试管中送检。
2．腹泻患者应尽量在急性期(3d以内)、用药前采集新鲜标本送检。按照操作标准，临床微生物实验室可以拒收住院超过3d的患者的大便标本。
3．应留取脓血、黏液、糊状、米泔样等性状异常的粪便标本及时送检。
4．沙门菌引起的肠热症，通常在发病后1~2w内采集血液或骨髓标本，2~3周则留取尿液和粪便标本进行细菌学检验。
5．怀疑是由气单胞菌属、邻单胞菌属、弧菌属等引起的胃肠炎，标本送检时要作特殊申请或在申请单上特别注明，因为它们的选择分离培养基与常规大便培养的完全不同。
6．对疑似细菌性食物中毒的患者，除粪便标本外，还应同时采取呕吐物、可疑剩余食物、胃肠冲洗液及血清等标本分离致病菌或检测毒素。某些食物中毒是由细菌毒素所致，单纯粪便培养结果为阴性并不能排除食物中毒。
1．革兰阳性菌：金黄色葡萄球菌、结核分枝杆菌、蜡样芽孢杆菌、艰难芽孢梭菌。
2．革兰阴性菌：伤寒及其他沙门菌种、志贺菌属细菌、致病大肠埃希菌、弧菌属细菌、气单胞菌属细菌、类志贺邻单胞菌、小肠结肠炎耶尔森菌、弯曲菌属细菌。
3．真菌：念珠菌。
脓液及创面分泌物(pus and wound secretion)
脓液及创面分泌物中不存在正常菌群，但所有创伤表面均可有细菌污染但不一定发生感染，细菌学检查对局部细菌的控制有意义，同时对导致伤口感染、脓肿形成的病原学诊断有重要意义。
1．确定某些皮肤常居菌是否是创伤感染的病原菌时，要注意该菌是否在数量上占优势。目前临床上区分是创伤感染还是污染，主要看细菌向活组织深部侵入的程度及每克组织含细菌量是否达到一定阈值。一般认为每克组织内细菌数量在10^5~10^6以上时即可造成伤口感染。
2．软组织急性化脓性炎症，如毛囊炎、疖、痈最常见的病原菌是金黄色葡萄球菌；急性蜂窝组织炎的致病菌大多是溶血性链球菌或金黄色葡萄球菌、厌氧菌；丹毒是皮肤及网状淋巴管的急性炎症，由β溶血性链球菌从皮肤黏膜的细小伤口入侵所致。
3．化脓性疾病，如甲沟炎等亦多由金黄色葡萄球菌引起；细菌性角膜炎的致病菌包括肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、葡萄球菌，偶有脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌；鼻窦炎的常见致病菌是肺炎链球菌、葡萄球菌、卡他莫拉菌、流感嗜血杆菌、肠杆菌科细菌和真菌，由牙病引起的多为厌氧菌；心包炎的常见细菌有葡萄球菌、链球菌、肺炎链球菌等；化脓性骨髓炎、化脓性关节炎的主要致病菌是金黄色葡萄球菌，其次为溶血性链球菌、肺炎链球菌、大肠埃希菌、伤寒沙门菌等；其他化脓性疾病还有化脓性扁桃体炎、急性化脓性中耳炎、急性化脓性乳突炎、气性坏疽、胆囊炎以及结核性腹膜炎等。
4．脓肿，如扁桃体脓肿、咽部脓肿，常见致病菌为金黄色葡萄球菌、β溶血性链球菌以及a溶血性链球菌；肾皮质化脓性感染、肾皮质脓肿的常见病原菌是金黄色葡萄球菌；脑脓肿以耳源性脑脓肿最多见，多因慢性化脓性中耳炎或乳突炎并发胆脂瘤引起，鼻 源性脑脓肿继发于鼻旁窦的化脓性炎症，较少见，隐源性脑脓肿是原发感染灶不明确的脑脓肿，多是血源性脑脓肿的隐匿型；肺脓肿是由多种细菌引起的肺部化脓性炎症、坏死，形成脓肿；其他部位的脓肿有肝脓肿、脓胸、腹腔脓肿、肾周脓肿以及直肠肛周脓肿等。
5．创伤感染，常见的有术后切口感染和导管感染等，近年来导管引起的感染和败血症的发病率明显上升，主要病原菌是金黄色葡萄球菌和革兰阴性杆菌，凝固酶阴性葡萄球菌如表皮葡萄球菌等也较常见。
6．烧伤创面在早期是无菌的，12h后会出现大量细菌。引起烧伤创面感染的细菌种类很多，以铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌占首位，其次是变形杆菌、溶血性链球菌、大肠埃希菌、粪产碱杆菌、普罗威登斯菌和鲍曼不动杆菌等。
7．耳部位的标本主要有拭子（诊断耳炎）和外耳、中耳液体（诊断中耳炎）。这两个部位潜在感染的细菌有所不同。铜绿假单胞菌常引起外耳炎，也可有其他细菌，但不会有厌氧菌。来自呼吸道的菌群，包括肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌、金黄色葡萄球菌和一些革兰阴性杆菌都可能引起中耳炎，厌氧菌也可引起中耳炎。
临床标本采集、处理的注意事项
1．开放性感染和已破溃的化脓灶标本采集前先用无菌生理盐水冲洗表面污染菌，然后用灭菌拭子采取脓液及病灶深部的分泌物。如果为慢性感染，则往往污染严重，很难分离到致病菌，可取感染部位下的组织送检并要求细菌定量。
2．有几种眼部感染的标本可采集用于微生物学检验，如用拭子或无菌刮勺采取的结膜标本用以诊断结膜炎；结膜刮取物做姬姆萨染色检查上皮细胞中的嗜碱性胞质包涵体可诊断沙眼衣原体感染；用刮勺刮取的角膜标本用以诊断角膜炎；玻璃体液用以诊断 眼内炎；化脓性标本用以诊断蜂窝织炎等。
3．导管治疗引起的感染，应及时采血培养和做导管尖端培养。
对瘘道内脓液，用灭菌拭子挤压瘘管，选取脓液中的“硫磺样颗粒”
送检，也可将灭菌纱布塞人瘘管，次日取出送检。对蜂窝组织炎、坏疽组织，应先用无菌生理盐水或70%乙醇擦拭清洁感染部位，然后用注射器吸取少量无菌生理盐水后抽取标本。针管抽取的位置应是炎症最严重的区域（一般在中心）。对烧伤部位，采集标本前要清创，若要作定量培养，则要采取3~4mm的活检组织切块。
4．对切口部位，也要尽量抽取标本或将拭子插入伤口深处采集标本。采自其底部或脓肿壁上的标本检出率最高，从暴露在空气中的感染灶表面采集的标本容易被污染。
5．对褥疮溃疡部位，原则上不采用拭子标本，应组织活检取材或针管抽取，只有在活检标本难以获得时，才可用拭子在伤口底部采集标本。
6．闭锁性脓肿对毛囊炎、疖、痈和皮下软组织化脓感染，用2.5%~3%碘酊和75%乙醇消毒周围皮肤，然后穿刺抽取脓液，尽量避免送检拭子标本，只有在切开排脓时可以用拭子采集标本；对乳腺脓肿、肺脓肿、肝脓肿、胆囊炎、脑脓肿、肾周脓肿、阑尾脓肿、心包积液等要通过手术引流采集脓液；对胸腔积液、腹腔积液、关节腔积液、盆腔脓肿、肛周脓肿，采用穿刺术抽取标本加入抗凝剂后送检。
1．革兰阳性菌：葡萄球菌属细菌、链球菌属细菌、消化链球菌、炭疽芽孢杆菌、破伤风梭菌、产气荚膜梭菌、溃疡棒状杆菌、结核分枝杆菌、奴卡菌、放线菌。
2．革兰阴性菌：肠杆菌科细菌、假单胞菌属细菌、**谢瓦菌、梭杆菌属细菌、嗜血杆菌属细菌、产碱杆菌属细菌、无色杆菌属细菌、鼠疫耶氏菌、鼻疽假鼻疽伯克霍尔德菌、弧菌属细菌、气单胞菌 属细菌 3．真菌：念珠菌、丝状真菌
组织标本
组织标本正常情况下为无菌的。
1．表浅的皮肤、黏膜感染，有炎症或坏死的组织，如细菌或真菌引起的皮肤烧伤创面感染；厌氧菌引起的牙周炎；真菌引起的各种体癣、头癣等。
2．深部组织感染由病原微生物引起的深部组织感染，包括心脏瓣膜、支气管、肺、肝、胆、脾、胃、十二指肠、直肠、结肠、肠系膜、肾、淋巴结、扁桃体等器官的病变，一般都比较严重，甚至危及生命，且久治不愈，只有通过内镜和手术获得相应的组织标本，才能帮助诊断和治疗。
3．亚急性细菌性心内膜炎最常见的病原菌为草绿色链球菌，其次为金黄色葡萄球菌、肠球菌、革兰阴性杆菌、真菌、布氏杆菌等，一般多由口腔、泌尿生殖道或表浅的皮肤感染侵入，导致菌血症，然后引起心内膜炎。幽门螺杆菌是非自身免疫性慢性胃炎的主要致病菌，活检胃组织的培养和药敏试验可以明确诊断和帮助选择合适抗菌药物治疗。肠结核多由人型结核杆菌引起，约占肠结核患者的90%以上，如果饮用未经消毒的带菌乳制品，也可发生由牛型结核杆菌引起的肠结核。
4．组织定性培养与定量培养组织或活检标本在培养前应研磨成均匀的悬液，注意无菌操作。但用组织标本作真菌培养时，只能用无菌剪刀把组织剪碎，而不能研磨组织碎片，否则可能损坏真菌菌丝。未用完的组织匀浆可在4℃保存几周，以供重复培养或其他培养使用。某些时候需要分析从组织中培养出的细菌是否有临床意义，则需要作定量组织培养。如果每克组织细菌数量≥10^5集 ##第五章常见临床标本的微生物学检验落生成单位(cfu)则认为此组织中存在细菌感染。
临床标本采集、处理的注意事项
1．采集组织标本做细菌学检查时，应同时采集组织标本做病理学检查。做病原体分离的组织标本，不可用甲醛固定。
2．表浅的感染组织和各种窦道标本可用灭菌棉签擦拭、小刀刮取、穿刺抽吸或手术切除，对窦道和瘘管应深部刮取。
3．深部组织标本可在手术过程中采取或穿刺活检或抽取分泌物送检，也可使用相应的内镜采集活检标本。标本置无菌容器并加入少量生理盐水以保持湿度，或置肉汤增菌液中送检。如怀疑为军团菌感染，肺组织切片不要滴加生理盐水（能抑制军团菌生长）。如果怀疑为厌氧菌感染，应把组织放入厌氧的传输系统内立即送检。
4．疑有污染的较大组织块，可用烧红的烙铁烧灼其表面或置沸水中5~lOs使表面变白消除污染后，再用无菌器械切开组织，取中央部位组织送检。
5．尸检标本应于死后迅速采集。室温保存应在4h内取材，4℃保存应在20h内解剖采集，以防肠道菌群等侵入引起污染。
1．革兰阳性菌：葡萄球菌属细菌、链球菌属细菌、消化链球菌、炭疽芽孢杆菌、破伤风梭菌、产气荚膜梭菌、溃疡棒状杆菌，结核分枝杆菌、奴卡菌、放线菌。
2．革兰阴性菌：肠杆菌科细菌、假单胞菌属细菌、**谢瓦菌、梭杆菌属细菌、嗜血杆菌属细菌、产碱杆菌属细菌、无色杆菌属细菌、鼠疫耶氏菌、鼻疽假鼻疽伯克霍尔德菌、弧菌属细菌、气单胞菌属细菌。
3．真菌：念珠菌、丝状真菌。
厌氧菌培养标本
绝大多数无芽孢厌氧菌均存在于人和动物体内，特别是口腔、肠道、上呼吸道、泌尿生殖道等处，同需氧菌与兼性厌氧菌共同构成机体的正常菌群。例如肠道菌群细菌中99.9%是厌氧菌，皮肤、口腔、上呼吸道、女性生殖道的正常菌群中也有80%~90%是厌氧菌。
1．厌氧菌感染是一种内源性感染，病种遍及临床各科。人体各种器官和组织都可发生厌氧菌感染，大部分是与需氧菌混合感染。
常规细菌培养阴性，需考虑厌氧菌感染的可能。即使常规细菌培养阳性，也不能排除厌氧菌混合感染的可能性。
2．厌氧菌感染的临床指征：
(1)感染组织局部产生大量气体，造成组织肿胀和坏死，皮下有捻发音，是产气荚膜梭菌所引起感染的特征。
(2)感染易发生在黏膜及其周围创面，口腔、肠道、鼻咽腔、**等黏膜，均有大量厌氧菌寄生，如果这些部位及其附近有破损，极易发生厌氧菌感染。
(3)深部外伤如枪伤后及人被动物咬伤后的继发感染，均可能是厌氧菌感染。
(4)分泌物有恶臭，或为暗血红色，并在紫外光下发出红色荧光，均可能是厌氧菌感染，分泌物或脓汁中有硫磺颗粒，为放线菌感染。
(5)患者的分泌物涂片经革兰染色，镜检发现有细菌，而常规培养阴性，或在液体及半固体培养基深部长的细菌，均可能为厌氧菌。
(6)长期应用氨基糖苷类抗生素治疗无效的病例，可能是厌氧菌感染。
(7)最近有流产史，以及胃肠手术后发生的感染。
(8)常规血培养阴性的细菌性心内膜炎，并发脓毒症血栓性静脉炎，伴有黄疸的菌血症等，应考虑可能有厌氧菌感染。
3．易感因素：
(1)全身免疫功能下降者或慢性病患者，如糖尿病人易并发厌氧菌性胆囊炎、下肢溃疡、蜂窝组织炎；晚期肿瘤患者感染发热部分是厌氧菌引起的；接受类固醇激素治疗或使用免疫抑制剂的器官移植及胶原病患者；接受放疗和化疗的患者；慢性肝、肾病晚期，慢性酒精中毒者；严重外伤，包括开放性骨折和大面积创伤；口腔、胃肠和女性生殖道进行大手术而严重损伤机体抵抗力者；老年、婴幼儿和早产儿等免疫功能受损或不足，易并发厌氧菌感染；分娩产程过长，羊膜早破引起羊膜炎和子宫内膜炎者，母子均易发生厌氧菌感染。
(2)局部免疫力下降，并具备厌氧菌感染条件者，如因血管损伤、烧伤、动脉硬化、水肿、肿瘤压迫、包扎过紧和有异物等，造成局部组织缺血、低氧、低氧化还原电势，厌氧菌可进入组织大量生长繁殖，导致感染；大面积外伤有需氧菌混合感染，需氧菌耗尽环境中氧气，有利于厌氧菌的繁殖。拔牙或外科手术破坏机体屏障结构，使厌氧菌进入血液。
4．厌氧菌感染的临床：厌氧菌感染以颅内、胸腔、盆腔为多见，占这些部位感染的70%~93%，1/3~2/3为混合感染。临床上常见的厌氧菌感染有如下疾患。
(1)中枢神经系统感染，如非外伤性脑脓肿、厌氧性脑膜炎。
(2)呼吸系统和胸腔内感染，如吸人性肺炎、坏死性肺炎、肺脓肿、脓胸、上呼吸道感染（扁桃体脓肿、鼻窦炎、慢性中耳炎、乳突炎、咽峡炎）。
(3)腹腔内感染，如腹膜炎、肝脓肿、阑尾炎、膈下脓肿、肾脓肿、胆道系统感染、腹腔手术后感染等。
(4)女性生殖系统和盆腔厌氧菌感染，女性生殖道厌氧菌感染 很普遍，可引起外阴、**感染、子官内膜炎和子宫积脓、盆腔脓 肿、输卵管一卵巢脓肿、妇科术后感染、血栓性盆腔静脉炎、分娩前 的羊膜腔炎、感染性流产和产褥感染等。
(5)口腔厌氧菌感染，如牙髓炎、根尖周炎、牙周炎、牙龈脓肿。
(6)骨和关节感染，如化脓性骨髓炎、化脓性关节炎等。
(7)血液及心血管系统的厌氧菌感染，如厌氧菌性败血症、心 内膜炎。
(8)皮肤和软组织的厌氧菌感染，如坏疽、坏死性蜂窝组织炎、 慢性窦道性溃疡、口腔面峡部感染、褥疮、烧伤创面感染、肛周脓肿 等。
(9)新生儿厌氧菌感染，如脐炎、新生儿肺炎、坏死性小肠结肠 炎。
(10)以外毒素致病的厌氧菌感染，如产气荚膜梭菌感染引起 的气性坏疽、食物中毒以及急性出血性坏死性肠炎，破伤风，肉毒 症，抗生素相关性肠炎等。
5．美国全国临床实验室标准化委员会(NCCLS)厌氧菌药物敏 感性试验工作组推荐在以下四种情况下有必要进行厌氧菌的药物 敏感性试验：
(1)为了确定新抗生素对厌氧菌的抗菌模式。
(2)在当地医院对厌氧菌的药敏模式进行定期监测。
(3)在各种地理区域对厌氧菌的药敏模式和耐药趋势进行定 期监测。
(4)提供特异的药敏试验结果以指导医生对特定患者感染的 治疗。厌氧菌药敏试验对特定患者治疗有指导意义的疾病包括：脑 部脓肿、脑膜炎、心内膜炎、难治性或周期性菌血症、骨髓炎、化脓 性关节炎、人工瓣膜及血管的移植性感染。
临床标本采集、处理的注意事项
1．在一般情况下，应从无正常菌群寄居的部位采集标本，用无菌操作抽取体液标本，包括血液、关节液、心包积液、腹腔积液、胸腔积液和膀胱穿刺液、深部脓肿渗出物、经气管抽取的肺渗出物或直接从肺抽取渗出物以及其他组织穿刺液等。
2．采集标本时绝对不能被正常菌群污染。应尽量避免接触空气，多使用针筒抽取，减少标本与空气接触的机会。
3．做厌氧菌培养最理想是能取得组织标本，因厌氧菌在组织中比在渗出物中更易生长，而且组织标本可真实反映出感染过程中的细菌学变化。
4.标本采集后要立即送检，送检过程也必须保持在无菌条件下进行，具体方法可以采用用无菌注射器送检（抽取标本后要排尽空气，并将针头插入无菌橡胶塞）、标本充盈法送检（标本装满标本瓶，驱除空气，加盖后立即送检。粪便作难辨梭菌培养可用此方法），或用商品化的无氧小瓶送检。
5.在正常情况下，厌氧菌可寄居于皮肤和黏膜。此等部位所陪养出的厌氧菌不一定是真正的病原菌，放下列标本无送检价值，不宜做厌氧茵培养：鼻咽拭子、齿龈拭子、痰和气管抽取物、胃和肠道内容物、肛拭、接近皮肤和黏膜的分泌物、褥疮溃疡及黏膜层表面排出的尿或导尿、**或子宫拭子、前列腺分泌物。
1.革兰阳性菌：消化链球菌、破伤风梭菌、产气荚膜梭菌。
2．革兰阴性菌：梭杆菌属细菌。